Après une période hygiéniste ayant mis en avant les aspects dangereux de certains microbes, des approches plus holistiques, notamment développées par l'écologie scientifique ont attiré l'attention des chercheurs sur les symbioses et l'importance de la microflore du tube digestif.
Le microbiote a également une grande importance pour l'écosystème normal de la peau, du vagin, comme pour celui du tube digestif. Il reste pourtant très peu étudié et donc mal connu, et ne fait pas l'objet de savoirs partagés de la population occidentale.
L'enfant naît sans microbiote. Il l'obtient par contamination lors de l'accouchement, puis de son environnement. Au plan quantitatif, le nouveau-né se constitue rapidement un microbiote aussi complexe que celui des adultes. Dans certaines sociétés, le père crache traditionnellement dans la bouche de l'enfant nouveau-né, gestion qui pourrait contribuer à la construction du microbiote de l'enfant, qui obtient aussi de nombreux microbes du contact avec sa mère.
Avec l'usage dans l'alimentation de « probiotiques » et ou « prébiotiques », l'idée est de favoriser de bons microbes dans le tube digestif. Si l'hygiène est une nécessité, ne pas respecter ses « bons » hôtes est un danger qui permet l'expression de bien des risques.
Les ruminants hébergent une quantité très importante d'espèces symbiotes. La capacité à digérer la cellulose, par exemple chez les ruminants est due à ces hôtes.