Outre que la philosophie foucaldienne influença (tout comme elle fut influencée par) nombre de mouvements contestataires en France et dans le monde anglo-saxon depuis les années 1970 (de l'antipsychiatrie au mouvements des prisonniers en passant par les mouvements féministes jusqu'aux mouvements de malades — notamment dans la lutte contre le sida — et des intermittents du spectacle), la fécondité de nombre de ses propositions essentielles s'éprouve toujours dans le monde académique et au-delà des spécialisations disciplinaires.
Ce vaste champ d'application couvre des Gender Studies (Judith Butler, David Halperin, Leo Bersani) et de l'analyse de la « subjectivation minoritaire » (Didier Eribon) à l'histoire du Droit et autres « archéologies » de l'État-providence (François Ewald, Paolo Napoli) et/ou des théories sociales (sur leur versant éthique : Bruno Karsenti, Mariapaola Fimiani) ou du social (sur son versant politique : Paul Rabinow, Eric Fassin) en passant par la critique de l'économie politique (Giorgio Agamben, Toni Negri, Judith Revel, Maurizio Lazzarato).
Et ce, malgré un certain désamour de la sociologie, alors que la méthode permet au sociologue qui tente la démarche de Foucault, foncièrement constructiviste, de concevoir que le sens, tout comme l'individu, se crée dans le « social ».
La conception que Foucault défendit des intellectuels face aux pouvoirs, avançant la figure de « l'intellectuel spécifique », et son rapport au marxisme, continuent de nourrir des controverses.
« L'héroïsme de l'identité politique a fait son temps. Ce qu'on est, on le demande, au fur et à mesure, aux problèmes avec lesquels on se débat : comment y prendre part et parti sans s'y laisser piéger. Expérience avec... plutôt qu'engagement avec... Les identités se définissent par des trajectoires... trente années d'expériences nous conduisent "à ne faire confiance à aucune révolution", même si l'on peut "comprendre chaque révolte"... la renonciation à la forme vide d'une révolution universelle doit, sous peine d'immobilisation totale, s'accompagner d'un arrachement au conservatisme. Et cela avec d'autant plus d'urgence que cette société est menacée dans son existence même par ce conservatisme, c'est-à-dire par l'inertie inhérente à son développement. »
— Pour une morale de l'inconfort
Foucault est généralement connu pour ses critiques des institutions sociales, principalement la psychiatrie, la médecine, le système carcéral, et pour ses idées et développements sur l'histoire de la sexualité, ses théories générales concernant le pouvoir et les relations complexes entre pouvoir et connaissance, aussi bien que pour ses études de l'expression du discours en relation avec l'histoire de la pensée occidentale, et qui ont été très largement discutées, à l'image de « la mort de l'homme » annoncée dans Les Mots et les Choses, ou de l'idée de subjectivation, réactivée dans Le Souci de soi d'une manière toujours problématique pour la philosophie classique du sujet. Son travail de philosophe est indissociable de ses prises de position sur l'actualité, et d'une problématisation permanente des identités collectives et des dynamiques politiques de mouvement - en particulier à partir du mouvement de libération gay. Il semble alors que, plus qu'à une « identité » par définition statique et objectivée, Foucault s'intéresse aux « modes de vie » et aux processus de subjectivation.
Sur le thème de la subjectivité, les deux philosophes qui ont le plus influencé Foucault sur ce thème – et sur d’autres – sont Nietzsche et Heidegger.
Si son œuvre est souvent qualifiée de post-moderniste ou post-structuraliste par les commentateurs et critiques contemporains, il fut lui-même plus souvent associé au mouvement structuraliste, surtout dans les années qui suivirent la publication des Mots et les Choses : bien qu'il ait initialement accepté cette affiliation, il marqua par la suite sa distance vis-à-vis de l'approche structuraliste, expliquant qu'à l'inverse de celle-ci, il n'avait pas adopté une approche formaliste. Il n'acceptait pas non plus de voir le label post-moderniste appliqué à ses travaux, déclarant qu'il préférait plutôt discuter de la manière de définir la « modernité » elle-même. Son affiliation intellectuelle peut être rattachée à la manière qu'il avait lui-même de définir les fonctions de l'intellectuel : non pas garant de certaines valeurs, mais préoccupé à voir et dire, suivant un modèle intuitif de réaction à « l'intolérable ».
Comme le fait observer Didier Eribon, il lui a été objecté qu'écrire une biographie de Michel Foucault était une entreprise ambiguë, Foucault ayant toujours, aux yeux de certains de ses disciples, « résisté à l'expérience biographique ». Deux raisons principales motivent cette méfiance. D'une part, la notion d'auteur, et le mythe qui accompagne cette figure, paraissait suspecte à Foucault, qui préférait l'écriture « anonyme », et affirmait que l'essentiel de ses ouvrages résidait dans une voix anonyme — la période historique, la société — plus que dans la pensée d'une personne singulière et éminente . D'autre part, la biographie tend à figer une vie en un destin, et à inscrire en creux dans le passé de l'individu tout son avenir. Insistant sur le fait que sa personnalité ne pouvait que se transformer, devenir autre et sur l'importance de se « déprendre de soi-même ».
Aussi, dans son testament, rédigé deux années avant sa mort, il note : « Pas de publication posthume ». Mais comme l'a fait valoir Eribon, on peut au contraire soutenir qu'écrire « Pas de publication posthume », est typiquement le geste d'un auteur qui entend affirmer ses prérogatives d'auteur sur son oeuvre, ce qui est cohérent avec ses analyses réelles sur la notion d'auteur, dans lesquelles il montre comment la fonction-auteur est apparue et s'est imposée comme figure nécessaire. Pour ce qui est de la « biographie », Foucault insista également, à de nombreuses reprises, sur le fait que tous ses livres étaient liés à ses expériences personnelles, et qu'on pouvait les lire comme autant de « fragments d'autobiographie ». Il est d'ailleurs bien évident que son œuvre s'est développée dans un rapport étroit à sa vie, et qu'elle aura été, pour une bonne part, un travail de réflexion sur soi et de transformation de soi.
Michel Foucault est connu pour avoir mis en lumière certaines pratiques et techniques de la société par ses institutions à l'égard des individus. Il note la grande similitude dans les modes de traitements accordés ou infligés à de grands groupes d'individus qui constituent les frontières du groupe social : les fous, les condamnés, certains groupes d'étrangers, les soldats et les enfants. Il considère que finalement, ils ont en commun d'être regardés avec méfiance et exclus, par un enfermement en règle dans des structures fermées, spécialisées, construites et organisées sur des modèles similaires (asiles, prisons, casernes, écoles) inspirés du modèle monacal, ce qu'il a appelé « institution disciplinaire ».
Michel Foucault s'est efforcé, dans la grande majorité de ses travaux, de se limiter :
Pourtant ses observations permettent de dégager des concepts excédant ces limites dans le temps et dans l'espace. Elles conservent ainsi une grande actualité, c'est pourquoi beaucoup d'intellectuels – dans une grande diversité de domaines – peuvent se réclamer de Foucault aujourd'hui. C'est par exemple en étudiant la mutation des techniques pénales à la fin du XVIIIe siècle qu'il peut analyser l'émergence d'une nouvelle forme de subjectivité constituée par le pouvoir : ce que l'on observe dans les marges se construit au centre.
De la même façon, c'est en étudiant les mutations des disciplines scientifiques à la fin du XVIIIe siècle qu'il dégage la constitution de la notion d'« homme ».
En ceci, quoiqu'il se revendiquât essentiellement historien, pour la rigueur et la scientificité de cette discipline, il est indéniablement philosophe dans la mesure où les enquêtes qu'il mène sont l'occasion de dégager des concepts dont la portée dépasse les circonstances très précises qu'il a étudiées, comme c'est le cas pour l'approche de la folie.
Ce regard historique ne doit pas méprendre. L'ontologie foucaldienne est une expérience, une prudence, un exercice sur les butées de notre présent, l'expérimentation de nos limites, la forme patiente de « notre impatience à la liberté », qui explique l'intérêt qu'il portait au thème du rapport de pouvoir entre l'institutionnel et l'individu – aussi bien qu'à une certaine idée de la subjectivation. Ce pouvoir fonde la constitution de savoirs et est à son tour fondé par eux : c'est la notion de « savoir-pouvoir ».
« Il n'y a pas de relations de pouvoir sans constitution corrélative d'un champ de savoir, ni de savoir qui ne suppose et ne constitue en même temps des relations de pouvoir... Ces rapports de "pouvoir-savoir" ne sont donc pas à analyser à partir d'un sujet de connaissance qui serait libre ou non par rapport au système de pouvoir ; mais il faut considérer au contraire que le sujet qui connaît, les objets, sont autant d'effets de ces implications fondamentales du pouvoir-savoir… »
— Il faut défendre la société
Dans cette ontologie tout à la fois généalogique, critique et archéologique, les travaux consacrés à des problèmes très concrets sont indissociables de ceux qui portent sur les « formations discursives » (Les Mots et les Choses, L'Archéologie du savoir et L'Ordre du discours), tout comme le sens du racisme, au-delà de ses significations particularisées, est indissociable de l'avènement des sciences humaines, – ce que nous apprend « Il faut défendre la société » (1975-1976).
L'adage de L'Ordre du discours – « Remettre en question notre volonté de vérité ; restituer au discours son caractère d'événement ; lever enfin la souveraineté du signifiant » – vaut ainsi comme un avertissement contre les écueils psychologisants de la problématisation bi-face du rapport à soi et du rapport au présent. Problématisation qui n'est pas à la poursuite des essences ou des origines, mais « des foyers d'unification, des nœuds de totalisation, des processus de subjectivation, toujours relatifs », selon la formule de Gilles Deleuze dont Foucault a été, intellectuellement aussi bien que personnellement, proche.
Dans la seconde moitié des années 1970, il s'est ainsi intéressé à ce qui lui semblait une nouvelle forme d'exercice du pouvoir (sur la vie), qu'il a appelé « biopouvoir » (concept repris et développé depuis par François Ewald, Giorgio Agamben, Judith Revel et Antonio Negri, notamment), indiquant le moment où, autour du XVIIIe siècle, la vie - non seulement biologique mais entendue comme l'existence tout entière: celle des individus et comme celle des populations, la sexualité comme les affects, l'alimentation comme la santé, les loisirs comme la productivité économique – entre comme telle dans les mécanismes du pouvoir et devient ainsi un enjeu essentiel pour la politique :
— La volonté de savoir
Au début de l'année 1980, dans son cours au Collège de France Du Gouvernement des vivants, Foucault dégage un nouvel axe de recherche : les actes que le sujet peut et doit librement opérer sur lui-même pour accéder à la vérité. Ce nouvel axe, irréductible au domaine du savoir et au domaine du pouvoir, est appelé « régime de vérité » et permet d'isoler la part libre et réfléchie prise par le sujet dans son activité propre. Les exercices ascétiques chrétiens fournissent le premier terrain d'exploration de ces régimes, dans leur différence avec les exercices ascétiques gréco-romains. Dès lors, Foucault n'aura de cesse jusqu'en 1984 d'articuler ensemble, sans les confondre, ces trois domaines : celui du savoir, celui du pouvoir, celui du sujet.
Certains interprètes ajoutent à ces trois axes l'axe de la vie. C'est peut-être dans son hommage à Georges Canguilhem (« La vie : l'expérience et la science », le dernier texte auquel il donna son imprimatur) que l'on perçoit le mieux son intérêt pour ce problème de la vie et son rapport à la vérité : Canguilhem, comme le souligne Foucault, a en effet mis en avant notre humaine capacité (cas d'espèce ! dirait encore Nietzsche) à former des concepts, quelles que soient les errances et déviations de la vie, qui sont sa vocation. Malgré la proximité évidente avec Georges Canguilhem, on ne trouve pas cependant, à proprement parler, de « philosophie de la vie » chez Foucault.
Son travail, du point de vue de l'ensemble, se présente comme une immense histoire des limites tracées à l'intérieur de la société, et qui définissent les seuils à partir duquel on est fou, malade, criminel, déviant. Les clivages internes de la société ont une histoire, faite de la lente formation, sans cesse remise en cause, de ces limites. De part et d'autre de ces domaines d'exclusion et d'inclusion se constituent des « formes de subjectivité » différentes, et le sujet est donc une concrétion politique et historique, et pas typiquement une substance libre comme le voudrait la tradition et le sens commun : je ne me perçois moi-même que selon les critères formés par l'histoire. Le pouvoir n'est pas une autorité s'exerçant sur des sujets de droit, mais avant tout une puissance immanente à la société, qui s'exprime dans la production de normes et de valeurs.
Le problème politique décisif n'est donc plus la souveraineté, mais ces micropouvoirs qui investissent le corps, et qui, silencieusement, inventent les formes de la domination, mais peuvent tout aussi bien donner l'occasion de nouvelles possibilités de vie. « Il n'y a de relation de pouvoir qu'entre des sujets libres » se plaisait-il à dire. Ainsi l'utilité chez Foucault, dans son rapport réciproque à la docilité, ouvre un domaine très large de considérations, au-delà de l'utilitarisme, du côté de l'industrie, du travail, de la productivité, de la créativité, de l'autonomie, du gouvernement de soi.
« Le problème à la fois politique, éthique, social et philosophique qui se pose à nous aujourd'hui n'est pas d'essayer de libérer l'individu de l'État et de ses institutions, mais de nous libérer, nous, de l'État et du type d'individualisation qui s'y rattache. Il nous faut promouvoir de nouvelles formes de subjectivité. »
— Le Sujet et le Pouvoir
Récusant dans La volonté de savoir l'hypothèse répressive pour expliquer les variations des comportements et des conduites dans le domaine de la sexualité, sceptique quant à la portée réelle de la libération sexuelle, mais cependant attiré par les États-Unis (séjours à Berkeley) et découvrant là-bas des formes relationnelles inédites, il a, dans ses derniers entretiens, en relation à son Histoire de la sexualité, discuté de l'homosexualité (plus rarement de la sienne) et plus généralement des relations affectives, établissant par exemple et pour son compte, une distinction entre amour et passion qu'il n'aura pas eu le temps d'expliciter plus avant. Le problème du désir et le thème de la maîtrise sont au cœur de la question de la subjectivitédéveloppée alors par ce que certains s'autorisent à nommer le « second » Foucault, celui du « souci de soi » (1984), émancipé du régime disciplinaire.
« Il n'est pas suffisant de tolérer à l'intérieur d'un mode de vie plus général la possibilité de faire l'amour avec quelqu'un du même sexe. Le fait de faire l'amour avec quelqu'un du même sexe peut tout naturellement entraîner toute une série de choix, toute une série d'autres valeurs et de choix pour lesquels il n'y a pas encore de possibilités réelles. Il ne s'agit pas seulement d'intégrer cette petite pratique bizarroïde qui consiste à faire l'amour avec quelqu'un du même sexe dans des champs culturels préexistants ; il s'agit de créer des formes culturelles. »
— Le triomphe social du plaisir sexuel
Michel Foucault s'est successivement intéressé au savoir, puis au pouvoir, enfin au sujet.