Un Merle noir a une espérance de vie de 2,4 ans en moyenne, ce qui inclut la mortalité infantile. Les Merles noirs dépassant leur première année vivent 5 ans en moyenne, mais selon des résultats basés sur le marquage, cette espèce peut atteindre un âge record de 21 ans et 10 mois.
Le principal prédateur du Merle noir est le chat domestique, mais le renard, la fouine, l'hermine et les rapaces, comme les éperviers et les autours, chassent aussi cette espèce quand l'occasion se présente, et limitent ainsi les populations de Merle noir. Par contre, il n'y a guère de preuves directes montrant que la prédation des œufs de Merle noir, des oisillons ou des adultes par les Corvidés, tels que la Pie bavarde, la Corneille noire, ou le Geai des chênes, ait un impact direct sur les effectifs des populations de merles.
Le Merle noir est occasionnellement l'hôte involontaire du Coucou gris (Cuculus canorus), espèce parasite qui pond ses œufs dans le nid d'autres espèces. Mais généralement, le coucou en est pour ses frais, car le merle sait reconnaître l'adulte de cette espèce, mais aussi ses œufs, plus gros que ceux des espèces qu'il parasite, et qui sont rejetés. Le merle introduit en Nouvelle-Zélande, où le coucou ne vit pas, a depuis perdu la capacité à reconnaître le Coucou gris adulte, mais rejette toujours les œufs de ce dernier.
Comme chez tous les passereaux, les parasites sont communs chez le merle. Des études ont montré que 88 % des merles examinés présentaient des parasites intestinaux, le plus fréquemment du genre Isospora ou Capillaria, et plus de 80 % présentaient des hématozoaires parasites.
Les merles passent beaucoup de leur temps à chercher de la nourriture au niveau du sol. Ils sont souvent colonisés par des tiques, ou autres parasites externes, surtout au niveau de la tête. Lors d'une étude en France, 74 % des merles examinés en milieu rural étaient infestés de tiques du genre Ixodes, contre seulement 2 % de ceux examinés en milieu urbain. Ceci est dû au fait que dans les parcs et jardins des régions urbaines, les tiques ont davantage de difficultés à trouver d'autres hôtes, alors qu'en milieu rural, les hôtes sont plus nombreux et divers (renard, daim et chevreuil, sanglier, etc.). Bien que les tiques du genre Ixodes peuvent transmettre des virus ou bactéries pathogènes, et sont réputées transmettre la bactérie Borrelia aux oiseaux, il n'y a aucune preuve que ceci affecte la santé du Merle noir, sauf lorsqu'ils sont épuisés et immunodéprimés après la migration. Il semble par contre que le Merle noir soit malheureusement un réservoir à Borrelia, capable de retransmettre le parasite aux tiques.
Commun dans les zones boisées sur la grande majorité de son aire de répartition, le Merle noir a une préférence pour les forêts décidues, à sous-bois dense. Cependant, les jardins leur fournissent le meilleur site de nidification, capables d'accueillir jusqu'à 7,3 couples par hectare, alors que les forêts ne peuvent soutenir que le dixième de cette densité de population (et les espaces ouverts et très urbanisés encore moins). On peut aussi le trouver dans des haies, des zones arbustives, en lisière de forêt, dans des parcs ou cultures, voire en zone urbaine.
En Europe, il est souvent graduellement remplacé par le Merle à plastron, espèce assez proche du point de vue taxonomique, quand on progresse en altitude. On peut le trouver jusqu'à 1 000 m d'altitude en Europe, 2 300 m en Afrique du Nord, 800 m au Sri Lanka et 900 m dans la péninsule indienne, mais les grandes sous-espèces himalayennes peuvent atteindre des altitudes bien supérieures : T. m. maximus niche entre 3 200 et 4 800 m et demeure au-dessus de 2 100 m d'altitude même en hiver.
Le Merle noir niche dans toute l'Europe tempérée, toujours en dessous du cercle polaire arctique, mais aussi en Afrique du Nord, sur certaines îles atlantiques (Madère, Açores, îles Canaries) et dans une grande partie de l'Asie du Sud.
Le Merle noir a été introduit dans de nombreuses parties du monde en dehors de son aire originelle. Par exemple, en Australie et en Nouvelle-Zélande, se trouvent des descendants de merles importés de Grande-Bretagne.
Selon la latitude, le Merle noir peut être un oiseau sédentaire ou migrateur, partiellement ou entièrement. Les populations du sud et de l'ouest de l'aire de répartition sont sédentaires, mais les merles les plus nordiques migrent vers le sud jusqu'à l'Afrique du Nord ou l'Asie tropicale en hiver.
Les mâles des populations urbaines sont plus à même de rester en hiver dans les climats frais que les mâles de campagne, adaptation rendue possible grâce à un microclimat plus clément et à une nourriture relativement abondante, qui permet à ces oiseaux d'établir un territoire et de débuter la reproduction plus tôt dans l'année. Tant que de la nourriture est disponible en hiver, mâles et femelles resteront sur leur territoire tout au long de l'année.
Les individus migrateurs sont capables de couvrir de grandes distances. Ils sont plus sociables, voyageant en petits groupes, généralement de nuit, et se nourrissant en groupe dispersé sur les aires d'hivernage. Le vol de migration, qui consiste en des séries de rapides battements d'ailes interrompues par des mouvements planés horizontaux ou plongeants, diffère du vol normal, rapide et agile, du Merle noir, mais aussi du vol de plus grands Turdidae, présentant souvent des mouvements plongeants plus accentués.
Quelques individus erratiques de cette espèce très répandue géographiquement sont occasionnellement apparus en de nombreux endroits d'Europe hors de leur aire normale de répartition, comme par exemple dans l'archipel de Svalbard et l'île de Jan Mayen, situés dans la région Arctique. Il y a aussi eu des observations d'individus erratiques au Japon. Les observations en Amérique du Nord sont généralement imputées à des individus captifs échappés, comme dans le cas du merle noir observé au Québec en 1971. Cependant, une observation datant de 1994 à Bonavista, dans la province canadienne de Terre-Neuve-et-Labrador, a été reconnue comme une observation d'un individu vraiment sauvage et l'espèce figure de fait sur la liste des oiseaux de l'Amérique du Nord.
La population mondiale du merle noir n'a pas été chiffrée, mais la population européenne est estimée entre 79 et 160 millions d'individus. Cette espèce est particulièrement abondante en Allemagne (8 à 16 millions de couples), au Royaume-Uni (près de 5 millions de couples) et en France où les effectifs de merles sont estimés à plusieurs dizaines de millions de couples nicheurs. Cette population y est considérée comme stable, et l'indice d'abondance des oiseaux nicheurs en France montre même une légère augmentation entre 1994 et 2003.
L'avenir de l'espèce dépendra essentiellement du maintien d'habitats diversifiés favorables lui apportant abri et ressources alimentaires. La population européenne semble globalement en accroissement depuis les années 1990, elle est donc considérée comme « sécurisée » par BirdLife International.
Ce paragraphe suivra la proposition de classification de Clement (voir paragraphe « Systématique »):