Plusieurs questions se posent à la communauté de Memory Alpha. L'une est la question des articles qui devraient se voir donnés le statut d'"article vedette". Selon les règles actuelles de Memory Alpha, autant les sujets majeurs que mineurs sont éligibles ; cependant, la question a été soulevée pour savoir si les critères pour l'élection ne devraient pas être plus subjectifs, c.-à-d., si un sujet n'est pas assez significatif, il ne devrait pas être élu quoi qu'il en soit de l'exhaustivité de l'article sur le sujet. Il n'y a actuellement aucun consensus dans la communauté de Memory Alpha sur ce sujet, et il n'y a pas eu de changement de politique sur le statut d'"article vedette", pour le moment.
La question de ce que Memory Alpha doit inclure est un sujet récurrent du projet depuis sa création. Sur la page d'accueil du projet, il se décrit comme "un projet de collaboration pour créer l'encyclopédie et la référence la plus complête, la plus précise, et accessible pour tout ce qui est lié à "Star Trek", mais les fans ont souvent différentes interprétations de ce que signifie "tout". Dans certains cas, un ou plusieurs utilisateurs ajoutent du contenu à propos d'un sujet – comme un site Web, un club de fans ou une parodie – mais qui ne "colle pas" aux pages existantes, alors cela nécessite une décision de la communauté s'il faut garder le contenu actuel, et si oui, quoi faire avec lui. De tels incidents ont mené à la création d'un article sur les parodies de Star Trek après que plusieurs questions aient été soulevées à ce sujet pour savoir où mettre l'information liée à ce sujet, mais qui ne fait pas partie de la franchise Star Trek. Un exemple contradictoire concerne un groupe musical : "The Sunspots", se composant de Patrick Stewart, Jonathan Frakes, LeVar Burton et Michael Dorn. Bien que les acteurs impliqués ont tous fait partie de Star Trek: La nouvelle génération, plusieurs articles sur le groupe ont été supprimés parce que la communauté a considéré ce sujet non directement lié à la franchise. En date de 2006, des informations sur The Sunspots peuvent être trouvées sur les différents pages des acteurs plutôt que dans un article simple et séparé des acteurs.
Peut-être la question la plus difficile sur Memory Alpha est celle de ces derniers mois concernant la polémique à propos de leur politique du canon. Hormis des questions de longueur et l'utilisation excessive de formalisations, cette nouvelle politique a été remise en question par plusieurs utilisateurs réguliers du site en raison de sa règle spécifiant que des articles et l'information qui n'ont pas été vues sur-écran mais dérivant de sources officielles de la production ne sont pas considérés canon (ou "canoniques"). Les archivistes du site sont divisés si on devrait permettre à une telle information d'être canon ; certains ne veulent seulement admettre que ce qui est déjà passé sur-écran tandis que d'autres souhaitent inclure ce qui a été à l'origine prévu d'être sur-écran mais jamais réalisé comme tel, comme l'information provenant de scènes supprimées, des ébauches de manuscrit, etc. D'autres archivistes croient qu'une telle information peut être incluse à condition qu'elle ne contredise pas ce qui a été vu sur-écran et à condition qu'il énonce la provenance de l'information. En date de juillet 2006, cette discussion est retombée de manière significative, alors que la plupart ont accepté les limites de la nouvelle politique (bien qu'ils attendent toujours une ébauche plus courte et moins "légale").