Mégatron apparaît dans les films sortis en 2007 et 2009. Dans cette version, le personnage a été réadapté comme tous les autres. Son aspect a été modifié pour lui donner un look plus extra-terrestre, le faisant apparaître bio-mécanique. Le mode de pistolet original n'a pas non plus été retenu, selon les scénariste parce que le changement de taille n'était pas assez réaliste (et selon certains parce que cela aurait été grotesque dans un film). À la place, Mégatron se transforme ici en jet cybertronien (plus tard aussi en tank), n'ayant pas eu l'occasion de scanner un véhicule terrien. Cependant, plusieurs ressemblance avec la version de Génération 1 sont visibles : il est de la même couleur argentée, et peut transformer sa main en canon, voir combiner ses deux bras en un seul puissant canon. On a pu aussi le voir utiliser un fléau au bout d'une chaîne de son avant-bras. Optimus et lui se réfèrent également l'un à l'autre comme étant "frères", bien qu'il ne soit pas clairement établit ce que signifie ce mot. Comme dans Génération 1, il a été montré qu'il n'aimait pas son second Starscream, partiellement dans le premier film et plus encore dans le second.
Dans cette version, Mégatron était originellement un Transformers vivant sur Cybertron alors qu'il n'y avait aucune réelle division entre les Cybertroniens. Néanmoins, suite à un pacte avec le Fallen, il fut corrompu, et se mit en tête d'utiliser un artefact, le AllSpark, pour se créer une armée et conquérir la Galaxie. Il forma son propre groupe, qui devinrent les Decepticons. La guerre entre Autobots et Decepticons qui suivit dévasta de façon irrémédiable Cybertron, et s'acheva par la perte du Allspark. Autobots et Decepticons se séparèrent alors dans l'espace pour le retrouver.
Mégatron finit par retrouver la trace de l'arctefact, ce qui l'amena sur Terre. Cependant, en arrivant, il s'écrasa dans la Glace et se retrouva congelé.Des sciècles plus tard le commandant Witwicky le retrouva. Mégatron, bien que toujours prisonnier de la glace, gravat sur ses lunettes l'emplacement du Allspark. Le contact avec le rayon de gravage de Mégatron insufla a Witwicky toutes les connaissances des Transformers, et, lorsqu'il raconta cela, on le pris pour un fou et fut envoyé à l'asile.
Le Chef Decepticon fut ensuite découvert par les services secrets américains (Secteur 7), qui le récupérèrent et le conservèrent dans la Glace. Son étude permit secrètement l'élaboration de diverses technologies, telles que les micropuces.
Au moment du film, Mégatron est encore gelé dans la Glace au départ, du moins jusqu'à ce que certains de ses Decepticons arrivent sur Terre. Ils entreprennent aussitôt de le retrouver avec le Allspark. S'infiltrant dans la base, Frenzy réussit à désactiver la chambre froide, libérant Mégatron. Ce dernier s'échappe aussitôt, et, reprenant la tête des Decepticons, se lance dans des ravages sur la planète pour récupérer le Allspark. Alors qu'il affronte sauvagement Optimus en montrant la haine qu'il éprouve envers les humains, Sam Witwicky place le Allspark dans son torse, consumant son spark et le tuant. Son corps est ensuite jeté avec les autres Decepticon mort (Brawl, Blackout et Bonecrusher et Frenzy) à la mer.
Mégatron réapparait dans Transformers: la Revanche, où il est révélé que, en dépit du fait qu'il soit mort, le lieu où son cadavre a été coulé est sous haute surveillance humaine. En dépit de cela, les Constructicans et Scalpel passent aisément cette surveillance, et atteignent le corps. Utilisant les pièces de Scrapmetal et un fragment du AllSpark, Scalpel ranime alors Mégatron, le dotant en plus d'un nouveau mode véhicule de tank cybertronien tout en conservant la faculté de voler dans ses deux modes.
Ranimé, Mégatron rentre sur Cybertron pour s'en prendre à Starscream, puis se rendre devant son maître, le Fallen, qui lui révèle que le pouvoir du AllSpark n'est pas détruit, mais réside à présent dans le cerveau de Sam. Il lui apprend aussi que lui-même ne peut être tué que par un Prime, à savoir Optimus Prime, ce dernier étant le dernier descendant des Prime en vie.
Mégatron retourne sur Terre avec d'autres Decepticons, et capture Sam avant de le faire étudier par Scalpel. L'intervention des autres Autobots sauve Sam, mais Mégatron avec l'aide de Starscream et Grindor réussit à tuer Optimus dans la bataille, permettant au Fallen de venir sur Terre.
Vers la fin du film, Mégatron aide le Fallen à trouver la machine construite sur Terre destinée à dévorer le Soleil et à l'activer. Cependant, alors qu'ils s'apprêtent à l'utiliser, Optimus, récemment ressuscité et amélioré grâce aux pièces de Jetfire, détruit la machine. Mégatron est sévèrement blessé au visage en tentant de le stopper, et, voyant le Fallen détruit, s'enfuit avec Starscream, affirmant que ce n'est pas fini.