Mayotte est la plus ancienne des quatre grandes îles de l'archipel des Comores, chapelets de terres qui émergent au-dessus d'un relief sous-marin en forme de croissant de lune, à l'entrée du canal du Mozambique. Située à 250 km Ouest de Madagascar et à 30 km Sud-Sud-Ouest d'Anjouan, visible le soir en ombre chinoise, elle est composée de plusieurs îles et îlots couverts d'une végétation exubérante, les deux plus grandes sont Grande-Terre et Pamandzi encore appelée Petite Terre adossée à une barrière de corail.
Ce récif de corail de 160 km de long entoure un lagon de 1 100 km2, un des plus grands du monde. Il protège des courants marins la quasi- totalité de Mayotte, à l'exception d'une douzaine de passes, dont une à l'est appelée Passe en S. Le lagon d'une largeur moyenne de 5 à 10 km possède des fonds exceptionnels jusqu'à une centaine de mètres de profondeur. Il est parsemé d'une centaine d'îlots coralliens dont certains comme M'Zamboro sont de toute beauté. Ce récif procure un abri aux bateaux et à la riche faune océanique. L'activité volcanique à l'origine de la création des îles rend le sol particulièrement fertile.
Les îles qui forment Mayotte sont géologiquement les plus anciennes de l'archipel des Comores. Leur âge à partir de de neuf millions d'année va en décroissant du sud-est (Mayotte) au nord-ouest (Grande Comore), bien que l'on observe tant sur la Grande Terre que sur l'îlot de Pamandzi, des appareils très récents (maars).
L'ensemble insulaire est un vaste bouclier volcanique de laves alcalines avec extrusions phonolitiques comme à Choungui, relief en forme de boule conique dont un cinquième est encore émergé. Le centre de l'appareil se situe en mer, à l'ouest. Une subsidence importante a eu lieu, permettant notamment l'implantation d'une couronne récifale exceptionnelle autour des reliefs résiduels.
La croissance corallienne, créatrice de calcaires blancs, a pris le relais des terres émergées, caractérisées par des roches basaltiques noires, et soumises à l'érosion. Pendant les grandes glaciations continentales, il y a 20 000 ans, l'abaissement des niveaux marins de plus de cent mètres a vidé les lagons et laissé les récifs moribonds. Les grandes rivières africaines, un temps retenues, ont percé les passes dans les barrières. Puis, avec les remontées marines causées par les puissants réchauffements climatiques post-glaciaires, les coraux ont repris leur ardeur bâtisseuse.
Le contraste entre géochimies corallienne et volcanique est en particulier pleinement visible sur les plages du nord de la Grande Terre, près de l'île de Mtsamboro. Les récifs de pierres noires, annonciateur de la terre, apparaissent sur la plage blanche de sables détritiques coralliens.
L'île de Grande Terre possède de fortes pentes, et surtout au voisinage des crêtes, une érosion tropicale emporte la fragile végétation colonisant les padza. Les forestiers essaient de fixer le sol dégradé par des plantations d'acacias.
Autrefois mis à part les rivages et les petites îles facilement accessibles par les pirogues à balanciers ou les bateaux, mais aujourd'hui presque partout pour les critères d'une économie moderne d'échanges, le monde mahorain, et au centre la Grande Terre, reste enclavé. Les pistes et les sentes des années 1970 ont laissé la place au cours des deux dernières décennies du millénaires à plus de 230 kilomètres de routes asphaltées et à 150 kilomètres de sentiers de randonnées balisés.
Le climat est tropical de type maritime, les températures moyennes oscillent entre 23 et 30 °C et le taux d'hygrométrie dépasse souvent 85 %. La saison chaude et humide, saison des pluies, va de novembre à avril/mai et les températures moyennes diurnes varient entre 27 à 30 °C. Dzaoudzi reçoit ainsi plus d'un mètre d'eau durant une année, les précipitations sont maximales en janvier, apportées par des vents de Nord-Est. La saison sèche de mai à octobre est plus fraiche, de 22 à 25 °C.
Les vents dominants selon les saisons sèches et humides sont l'alizé du Sud-Ouest et la mousson du Nord-Ouest. La température de la mer oscille autour de 25,6 °C. Les tempêtes cycloniques, accrues tout au long de leurs parcours par la chaleur échangée avec les eaux maritimes de surface chaudes, peuvent dévaster végétation et habitations ; ainsi les cyclones de 1898, de 1950, d'avril 1984 ou de janvier 1987.
Si les eaux chaudes du lagon peuvent abriter les baleines accoucheuses vivant sur leurs réserves de graisses australes, puis leurs petits en lactation, les tortues marines viennent pondre sur les plages au voisinage de leurs herbiers. Le lagon est nourricier pour les poissons, les mangroves jouent un rôle de nettoyage écologique, entravant l'écoulement des sédiments, augmentant la densité animale et végétale, notamment des espèces piscicoles au stade juvénile.
À proximité des herbiers à tortues et de leurs plages immémoriales, poussent de majestueux baobabs Adansonia digitata qui abritent parfois des colonies de roussettes, cette chauve-souris géante et frugivore. Ces paysages ne sont pas imaginaires, il existe encore dans le sud de la Grande-Terre, à la pointe de Saziley, à Ngouja ou au nord de Petite-Terre.
Il existe une centaine d'espèces d'oiseaux, la plupart typiques des terres africaines et malgaches voisines.
Mayotte était initialement très riche en biodiversité, mais la forêt primaire y a récemment disparu, entraînant des risques d'instabilité pour les terrains et le littoral ainsi qu'une pollution et dégradation du lagon, alors que la pression foncière et la démographie ne cessent de croître.
Les menaces qui pèsent sur l'écosystème sont notamment les espèces introduites et éventuellement invasives, avec risques croissants d'invasion biologique ; la fragmentation par les routes, qui dégradent l'intégrité écologique de l'île ; les impacts du tourisme ; la dégradation des récifs coralliens par la pollution et par accumulations de sédiments terrigènes (déjà plusieurs km2 sont touchés dans les lagons de Rodrigues et de Mayotte d'où ont disparu les scléractiniaires, suite à la destruction des forêts qui protégeaient les sols de l'érosion. Engrais et pesticides,comme le DTT, peuvent aussi être emportés par les eaux pluviales et favoriser voire rendre permanent le blanchiment des coraux (coral bleaching). La collecte de coquillage, la pêche excessive et certaines activités extractives (sable corallien), l'agriculture et la divagation d'animaux peuvent aussi avoir des impacts négatifs.
Zone naturelle :