Bucaille est une des références du concordisme musulman, méthode controversée qui voudrait faire concorder les religions avec les sciences : les concordistes tentent de faire coïncider les textes sacrés avec chaque nouvelle découverte dans le domaine scientifique.
En 1974, pour connaitre les raisons de la mort de Mérenptah, Ramsès II et d’autres momies égyptiennes, des investigations débutèrent avec des collaborateurs égyptiens puis avec une dizaine d’autres collaborateurs français de disciplines médicales diverses, sous la direction de Bucaille. Les résultats furent communiqués, entre autres, à l’Académie de médecine et à la Société française de médecine légale. Puis, lors de la sortie de son livre Les Momies des Pharaons et la médecine présentant les résultats définitifs de ses recherches, il reçut la médaille d’argent du prix Diane-Potier-Boès décerné en 1988 par l’Académie française, pour « un ouvrage traitant des rapports entre l’Égypte et la France, ou à défaut consacré à l’histoire ou à la civilisation de l’Égypte ».
Les théories concordistes de Maurice Bucaille ont fait l’objet de critiques. Ainsi William F. Campbell soutient-il que Maurice Bucaille n’évalue pas le Coran selon les critères à l’aide desquels il juge la Bible : Bucaille exige en effet de celle-ci qu’elle se conforme aux exigences et au langage scientifiques du XXe siècle, alors qu’il juge acceptable que le Coran soit écrit sans cette même rigueur scientifique, car, écrit-il, le Coran « est exprimé dans un langage qui convient à des agriculteurs ou à des nomades de la péninsule arabique. L’objectivité dont se réclame le Dr. Bucaille reste ainsi toute théorique ».
Maurice Bucaille critique par exemple la Bible lorsqu’elle décrit la Création, en divisant le déroulement en « jours » (hébreu : yom) : il souligne en effet que « l’on sait parfaitement de nos jours que la formation de l’univers et de la terre [...] s’est effectuée par étapes sur des périodes de temps extrêmement longues », considérant dès lors le texte biblique comme « inacceptable ». La Bible décrivant la création de l’univers en six jours, Dieu se reposant le septième jour ; allusion directe à la semaine des sept jours terrestres selon Bucaille.
En revanche, il n’hésite pas, lorsqu’il aborde le Coran, à réexaminer le sens du mot, admettant que les six « jours » (arabe : yawm) de la Création décrits dans les sourates du Coran doivent être compris comme désignant une « période de temps tout à fait différente » de l’acception usuelle du mot « jour ». En effet, il explique que le mot aurait plusieurs sens en arabe, le sens le plus courant étant jour précisant qu’il « tend à désigner plutôt la clarté diurne que la durée de temps entre un coucher de soleil et celui de son lendemain ». L’autre sens est « période de temps » non précisée mais toujours longue. Pour appuyer ses dires, il donne deux exemples de versets coraniques :
Ceci permet à Maurice Bucaille de considérer que la description de la Création faite par le Coran n’est pas contraire à la vérité scientifique, alors que, dit-il, la description qu’en fait la Bible est « une erreur grossière ».