Cette espèce ne vit qu'en Atlantique nord. C'est la seule espèce de macareux présente en Atlantique, les trois autres ne vivant que dans le Pacifique. Son aire de répartition était probablement plus importante à la préhistoire ; il ne se reproduit aujourd'hui que localement sur les côtes isolées d'Europe du nord, de l'Islande et de la partie orientale de l'Amérique du Nord.
En Amérique du Nord, il niche du Canada au Maine. En Europe, c'est en Islande que les plus grandes colonies sont présentes (2 à 3 millions de couples), avec d'autres populations plus réduites en Irlande, en Écosse, aux Shetlands, en Scandinavie et en Bretagne.
Il vit environ 25 ans, le record étant de 36 ans pour un macareux écossais.
Lors de la parade nuptiale, le bec s'orne de couches cornées vivement colorées. Les couples se forment alors. Les partenaires se touchent le bec frontalement. Le mâle excité pousse la femelle qui rejoint l'eau où l'accouplement se passe. Les couples monogames sont fidèles durant la saison de reproduction. Le macareux creuse à l'aide de son puissant bec et de ses pattes de profonds terrier (1 à 2 m de long) où il construit et protège son nid.
L'espérance de vie théorique d'un macareux moine est d'environ 25 ans mais, comme la plupart des espèces à longue durée de vie, il se reproduit peu : il ne pond qu'un seul œuf par an, posé à même la terre au fond du terrier, de fin avril à mai.
L'œuf est couvé durant 40 à 43 jours. Le poussin mange des poissons entiers apportés par les parents qui les lui présentent pendus et alignés de chaque côté du bec, ceci durant 6 semaines où les parents ne s'alimentent plus ou presque plus.
Le jeune oiseau doit ensuite jeûner une huitaine de jours, ses parents effectuant alors leur mue et ne pouvant provisoirement plus voler, car ayant perdu leurs rémiges. Affamés, les petits sortent alors du nid, toujours au crépuscule et s'élancent maladroitement du haut de la falaise en agitant leurs petites ailes. C'est un moment où ils sont particulièrement vulnérables, car non protégés par les parents, exposés à la prédation et attirés par les sources de lumière les plus proches s'il y en a.
Le macareux moine est l'emblème de LPO (Ligue pour la protection des oiseaux) mais aussi de la province canadienne de Terre-Neuve-et-Labrador et de la ville de Perros-Guirec en Bretagne (à cause de la plus importante colonie française de macareux implantée sur les Sept-Îles, un ensemble d'îles proche de la côte).
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Le poussin est particulièrement vulnérable au phénomène dit de pollution lumineuse. Au premier envol du nid, il s'oriente vers les lumières les plus proches au lieu de gagner la mer où il doit apprendre à se nourrir seul. C'est pourquoi les macareux ne survivent aujourd'hui que sur des îles très isolées (où on leur a également dans le passé donné la chasse ou pillé leurs pontes).
Le film Islande, paradis des Macareux a été consacré à ce sujet par les réalisateurs Jean-Marc Robert et Mike Magidson. Il présente une nouvelle tradition islandaise de la petite île de Heimaey (sud de l'Islande) où chaque année vers le 15 août, des enfants passent plusieurs nuits dehors pour ramasser dans des cartons, des centaines de macareux qui, lors de leur premier envol, ont été instinctivement attiré par les lumières les plus proches (phares, lampadaires, éclairage urbain, etc.) et se sont posés au sol au lieu d'aller en mer. S'ils n'étaient pas ainsi sauvés, ils se feraient alors manger par les chats ou les chiens ou écraser ou blesser par les voitures, s'ils ne mouraient pas simplement de faim. Le film montre les enfants les collectant et les transportant le jour suivant sur le rivage où ils les relâchent, contribuant ainsi à la survie de la colonie.
La chasse et le braconnage ont été une autre cause de disparition et de régression. Ainsi, en 1900, l'effectif français de macareux, concentré aux Sept-Îles, comptait encore 10 000 à 15 000 individus, mais quelques chasseurs venus de Paris les massacrèrent, n'en laissant qu'environ un millier de couples. Fondée alors pour sauver cette colonie notamment en créant la réserve des Sept-Îles, la Ligue française pour la protection des oiseaux a fait de cette espèce son emblème.
C'est notamment le témoignage suivant qui a déclenché une protection de l'espèce en France :
La Ligue ornithophile signala ces agissements au préfet des Côtes-du-Nord, qui prit immédiatement un arrêté interdisant absolument et en tous temps « la chasse, la destruction, le transport et la vente des macareux », 65 ans avant la loi sur la protection de la nature du 10 juillet 1976.
La population de macareux moines, après avoir considérablement diminué au XIXe siècle lorsqu'ils étaient chassés pour leur chair et leurs œufs ou pour le simple plaisir de les tirer au fusil, s'est reconstituée et constitue actuellement une petite population stable qui a néanmoins de nouveau régressé suite à divers problèmes :