Depuis que les programmes d'élevage en captivité se sont substitués à la capture des macaques crabiers à des fins d'expérimentation animale, leur population à l'échelle mondiale n'est pas menacée. La liste rouge de l'IUCN le classe dans la catégorie « Préoccupation mineure ». La sous-espèce Macaca fascicularis umbrosa est considérée comme étant d'une importante signification biologique. Il a été recommandé comme candidat aux mesures de protection dans les îles Nicobar, où sa faible population d'origine a été sérieusement entamée (Umapathy et al., 2003). Dans les zones où Macaca fascicularis n'est pas autochtone, sa population doivent être suivie, gérée ou éradiquée si elle présente un impact négatif sur la flore et la faune.