Le colonel dirigeant le lycée cumule les fonctions de chef de corps et de chef d'établissement. Il est ainsi le seul responsable du commandement, de l'administration et du fonctionnement de l'établissement. Dans cette tâche, il est assisté d'un commandant en second, officier supérieur lui-même secondé par des services spécifiques, d'un proviseur, directeur des études et d'un proviseur-adjoint. Néanmoins, il est à noter que dans les faits, le colonel a plus vocation à s'assurer de la discipline des élèves et de la représentation du lycée, et le proviseur, aux questions relatives à l'enseignement.
Chaque niveau, de la seconde à la deuxième année de classe préparatoire est commandé par un capitaine. À l'intérieur de chaque niveau, chaque classe est encadrée par un chef de section sous-officier, allant du grade de sergent à celui d'adjudant-chef. Néanmoins, cet encadrement militaire est souvent restreint à la vie en internat et n'intervient en général pas dans la vie purement lycéenne des élèves, mis à part les conseils de classe. Il existe un CPE pour les classes de seconde, un pour le cycle terminal (classes de première et de terminale) et un autre pour le cycle des deux classes préparatoires aux grandes écoles.
Jusqu'à ce jour, aucune femme n'a accédé aux fonctions de chef de corps ou de proviseure, néanmoins une femme est à la tête du bureau de proviseur-adjoint depuis 2008.
Le lycée se divise en cinq compagnies et d'une classe « hors-compagnie » :
Le lycée propose aux élèves du cycle terminal trois baccalauréat de type général : économique et social, littéraire et scientifique, avec comme langues proposées, l'allemand, l'anglais, l'espagnol, le russe, le latin, et parfois le grec ancien. Les résultats des élèves à cet examen est, dans les années 2000, toujours compris entre 96 et 100%. Ces classes sont ouvertes au titre de l'aide à la famille aux « enfants de militaires, d'agents du ministère de la défense et de fonctionnaires ». Depuis 2006, 15 % des places sont réservées à des élèves boursiers.
Il est proposé aux élèves de classe préparatoire les sections MPSI, MP, PCSI, ECO et LET A/L. Ils préparents les concours d'officiers des armées de Terre (École spéciale militaire de Saint-Cyr), de l'Air (École de l'air) et de la Marine (École navale).
Les élèves sont soumis chaque semaine à deux à cinq heures de devoir surveillé - « DS » - à créneau fixe, où ils travaillent en condition d'examen, les épreuves du baccalauréat pour les secondes, premières et terminales et celles des concours des grandes écoles visées pour les classes préparatoires.
Les élèves portent un uniforme scolaire fourni par le lycée. Il est composé trois tenues différentes :
La grande majorité des élèves a fait le choix de l'internat, bien souvent en raison de la distance géographique avec leur domicile. Néanmoins il est possible de demander exceptionnellement la demi-pension, pour les élèves ayant un domicile dans les communes voisines. Le lycée propose cinq-cents lits en second cycle, dont deux cents pour les jeunes filles et deux-cent-quatre-vingt en classes préparatoires, dont soixante-douze pour les jeunes filles.
Récemment une laverie a été installée dans le corps de bâtiments. Pour le prix de deux euros les élèves peuvent y laver leur linge personnel. Les uniformes sont eux, à rapporter au centre d'habillement (SMCAT), qui les échangent contre des neufs et les lavent gratuitement.
Une société, employée par le lycée, regroupée au sein du « Cercle Mess » assure certains services au réfectoire et propose aux élèves dans un foyer (appelé le « Fox ») diverses activités de détente (billard, baby-foot, télévision, internet...) ainsi que la vente de friandises et de boissons. Il existe également pour les cadres civils et militaires un foyer, appelé « la taverne des grognards », installé dans l'ancienne cave à vin des lieux.
Il existe pour les élèves pratiquants un aumônier catholique, un protestant et un israélite ; en outre, la chapelle catholique du lycée assure un office religieux par semaine.
Des clubs, comme les échecs, la musique ou le théâtre (à l'amphithéâtre Charles de Gaulle) sont proposés aux élèves le mardi soir. Des stages de ski et de parachutisme sont organisés pendant les vacances scolaires. Ils peuvent également participer à la rédaction de L'Aiglon, le journal officiel et trimestriel du lycée depuis janvier 1974, qui traite de points historiques du lycée, des manifestations culturelles, sportives qui y ont lieu, des cérémonies militaires, des voyages scolaires et parfois d'économie : il tient son nom d'une citation de Napoléon Ier, qui visitant le « collège militaire de Saint-Cyr » en 1806 se souvint qu'en 1800, son frère Lucien Bonaparte inaugurait l'établissement. Il parlait alors d'un « nid de colombes transformé en aire d'aiglons ». Il est aussi offert aux élèves de participer à une fanfare, qui joue pendant les cérémonies, de participer au concours national de la résistance et de la déportation, pour lequel il a déjà remporté une victoire nationale et chaque année des victoires départementales ou encore au récent prix littéraire du lycée militaire de Saint-Cyr, organisé à la bibliothèque du lycée, qui élit, par l'intermédiaire d'un jury composé d'élèves et de professeurs, un livre faisant partie de la rentrée littéraire de septembre.
L'association sportive du lycée est très active. En effet, chaque lycéen a trois heures de sport supplémentaires aux deux habituellement données dans les lycées normaux : il faut, dès la classe de seconde choisir un sport parmi un large choix (football, basket, hand-ball, volley-ball, athlétisme, natation, karaté, judo, escrime) qu'il aura le choix de présenter ou non au baccalauréat. Chaque année a lieu le Tournoi inter-lycées de la Défense, ou « TILD » : en 2006, le lycée militaire de Saint-Cyr recensait onze victoires sur quinze années de participations, ainsi que de nombreux titres. Des dizaines de coupes sont visibles dans les vitrines du hall des gymnases.
Liste des récompenses sportives des élèves du lycée :