L’année 1998 témoigna la restructuration de l’école pour s’adapter à la nouvelle loi turque sur l'enseignement primaire. Cette loi porta la scolarisation obligatoire à huit ans, en rattachant le collège à l'enseignement primaire. Cette mesure signifia la fermeture graduelle des classes du collège, car selon la loi sur l'éducation nationale de 1931, les étrangers ne peuvent pas gérer des écoles primaires en Turquie. La durée de scolarité à Saint-Benoît tomba alors de huit à cinq ans, entraînant la chute considérable de ses effectifs. L’établissement compte actuellement 929 élèves (dont 60 % de filles) qui sont admis sur concours; et 100 enseignants.
Une rénovation des bâtiments est entreprise depuis le début des années 2000 afin de renforcer l’anti-sismicité de l’ensemble.
L'une des plus anciennes institutions éducatives du pays, le lycée Saint-Benoît est une école privée, donc payante (11 200 euros par an), choisie par les parents d’élèves, souvent issus de la grande bourgeoisie traditionnelle, pour sa qualité, sa discipline et son enseignement francophone prestigieux, pratiqué par immersion linguistique. Les élèves chrétiens constituent aujourd’hui une très petite minorité. Sur le plan juridique, comme toutes les écoles dites « étrangères » en Turquie, le lycée Saint-Benoît jouit d’un statut particulier qui fait de cet établissement une institution « sui generis ». Le bâtiment appartient à l'Ambassade de France ; les programmes scolaires sont établis conformément aux règlements turcs et le déroulement de l’éducation est surveillé étroitement par le Ministère de l’Education nationale turc ; le corps professoral laïc est composé des nationaux turcs et français ; l'école est dirigée par un directeur français et un directeur-adjoint turc ; le contrôle plus ou moins direct de la congrégation des Lazaristes se poursuit, notamment sur la nomination du directeur français et la gestion des biens immobiliers ; et enfin, la présence des sœurs françaises continue à rappeler les origines catholiques de cette école.
Malgré les énormes transformations survenues au cours de sa longue histoire, Saint-Benoît demeure l’un des phares de la francophonie au Levant. Comme faisait remarquer le Père Jean Deymier, le directeur de l'école, dans l'annuaire de 1964: "Notre école est devenue un très grand arbre qui pousse ses racines au plus profond d'un passé parfois glorieux, toujours respectable et dont les élèves actuels forment les jeunes pousses gorgées de sève. Vénérable Saint-Benoît n'a pour toute ambition que de continuer à servir de son mieux la Turquie moderne en contribuant à la formation de ses élites de demain."