Aucune démonstration scientifique rigoureuse n'a jamais été faite concernant la lithothérapie, elle n'est donc pas reconnue comme une science mais comme une pseudo-science. Elle n'est pas non plus reconnue par la médecine.
La lithothérapie serait basée sur d'anciennes croyances. Jadis et selon certains peuples (notamment en Inde antique), les pierres fines et ornementales auraient eu des vertus thérapeutiques.
Depuis les années 1970, des thérapeutes du mouvement new age ont redécouvert la lithothérapie.
Dès l'usage de l'argile en pansement on a "pratiqué la lithothérapie". En mésopotamie, les tablettes de Nippur témoignent de l'usage de minéraux autant que de plantes. les égyptiens, les hébreux, les grecs... autant que les indiens ou les chinois. Il faut cependant noter que l'usage de l'argile en cataplasme, emplâtre, ... a un effet reconnu par la plupart du corps médical, en particulier de purification de la peau (apport de sels minéraux, hydratation...) ce qui n'est pas le cas de la majorité des autres pratiques de lithothérapie. Classer les traitements à l'argile comme lithothérapie ne doit pas provoquer de quiproquo.
Mais le retour dont parlent certains avec le new-âge est en fait une rémanence de croyances latentes partout dans le monde, anciens principes déjà connus dans notre culture depuis les lithicas ou lapidaires grècs (lapidaire orphique, Kerygmes Lapidaires d'Orphée, Socrate et Denys, Lapidaire nautique, Damigeron-evax) à lire l'ouvrage de Mrs Robert Halleux et Jacques Schamp.
Pour ajouter aux croyances dans notre culture, les pierres de la Bible ont aussi participé aux croyances dans le monde occidental moderne, marqué par la culture judéo-chrétienne. Exode chapitre 28, Ezéchiel chapitre 28, Apocalypse chapitre 21.
Aujourd'hui, certains guérisseurs tziganes, roms... utilisent occasionnellement les pierres pour la médecine.