Le coût de construction du laboratoire est évalué par l’Andra à 95,5 millions d’euros (estimation hors aléa du coût total de construction du Laboratoire entre 1999 et 2006). L’Andra est propriétaire et gestionnaire du terrain sur lequel est situé le laboratoire, terrain qui fait partie d’un lot de 95 hectares acquis en 1996 pour 2,2 millions de francs. Les frais de fonctionnement et d’expérimentations sont estimés à 16 millions d’euros par an. Globalement, de 1992 à 2006, 375 millions d’euros ont été nécessaires à la construction et au fonctionnement du laboratoire. Le coût global des études de faisabilité menées par l’Andra entre 1992 et 2006, y compris le laboratoire de Meuse/Haute-Marne, s’élève à 973 millions d’euros : Reconnaissance sur les 3 sites (1994-1998) : 110 M€ ; Études scientifiques, d’ingénierie et évaluations de sûreté (1992-2006) : 455 M€ ; Études sur le granite (1999-2006) 33 M€.
Le financement des recherches sur la gestion des déchets de haute activité et à vie longue, donc en particulier du laboratoire souterrain, est assuré par les producteurs de déchets en vertu du principe pollueur-payeur. Entre 1999 et 2006, ce financement était réalisé à travers une convention pluriannuelle entre l’Andra, EDF, Cogema et le CEA. La loi du 28 juin 2006 institue au sein de l’Andra :
« un fonds destiné au financement des recherches et études sur l’entreposage et le stockage en couche géologique profonde des déchets radioactifs. Les opérations de ce fonds font l’objet d’une comptabilisation distincte permettant d’individualiser les ressources et les emplois du fonds au sein du budget de l’agence. Le fonds a pour ressources le produit de la taxe dite de "recherche" additionnelle à la taxe sur les installations nucléaires de base. »
— Article 15 de la loi n°2006-739
Cette évolution du mode de financement a été recommandée par la Cour des Comptes ainsi que par la mission de contrôle de l’État auprès de l’Andra en vue d’assurer à cette dernière une plus grande indépendance vis-à-vis des producteurs de déchets.
Le laboratoire de Meuse/Haute-Marne procure environ 160 emplois (en janvier 2008) :
Les emplois locaux représentent plus de 40 % du total (au début de l’année 2005).
La loi du 30 décembre 1991 prévoit que :
« Un groupement d’intérêt public peut être constitué […] en vue de mener des actions d’accompagnement et de gérer des équipements de nature à favoriser et à faciliter l’installation et l’exploitation de chaque laboratoire »
— Article 12 de la loi n°91-1381 du 30 décembre 1991 relative aux recherches sur la gestion des déchets radioactifs
L’objectif est alors de marquer la reconnaissance de la Nation pour les territoires participant aux recherches sur la gestion des déchets radioactifs à haute activité et à vie longue. La loi est complétée par le décret no 92-1366 du 29 décembre 1992 qui précise les modalités d’application. Pour le laboratoire de Meuse/Haute-Marne, cela s’est traduit par la création des groupements d’intérêt public (ou GIP) « Objectif Meuse » et « Haute-Marne ». La convention constitutive du GIP Objectif Meuse a été approuvée par arrêté le 25 mai 2000, approbation renouvelée par arrêté le 9 mai 2007. Celle du GIP Haute-Marne a été approuvée le 16 août 2000, approbation renouvelée par arrêté le 9 mai 2007 avec une modification par arrêté du 29 juin 2007. Ces conventions reprennent les missions prévues par la loi du 30 décembre 1991 : soutien au développement durable, au renforcement du potentiel scientifique local, au développement industriel et économique et à la protection et la valorisation de l’environnement dans une perspective d’insertion du laboratoire. Les GIP ont également à leur charge le financement du Comité local d’information et de suivi du laboratoire sur des crédits spécifiques versés par l’État à cet effet.
Les conventions constitutives sont complétées par des chartes de développement pluriannuelles. La charte du GIP Objectif Meuse s’organise autour de 4 axes prioritaires : promouvoir le développement économique et l’emploi (axe 1), soutenir le développement local, organisé autour des structures intercommunales et des pays en émergence (axe 2), structurer l’espace départemental (axe 3) et soutenir le développement touristique et la notoriété du département (axe 4). Le GIP Haute-Marne s’oriente plus particulièrement vers les actions suivantes : favoriser l’activité économique, préparer l’emploi de demain, décloisonner les lieux d’activité et les bassins de vie, développer le tourisme et la notoriété du département, améliorer le cadre de vie et les équipements collectifs et enfin accompagner le programme collèges. Dans le cadre de la loi du 30 décembre 1991, ces groupements gèrent des fonds d’environ 9 millions d’euros par an et par département.
En juillet 2005, est créé le Comité de haut niveau pour l’accompagnement économique du laboratoire, chargé de renforcer et coordonner les efforts dans ce domaine.
La loi du 28 juin 2006 précise la mission des groupements d’intérêt public qui sont chargés :
« 1° De gérer des équipements de nature à favoriser et à faciliter l’installation et l’exploitation du laboratoire ou du centre de stockage ;2° De mener, dans les limites de son département, des actions d’aménagement du territoire et de développement économique, particulièrement dans la zone de proximité du laboratoire souterrain ou du centre de stockage dont le périmètre est défini par décret pris après consultation des conseils généraux concernés ;
3° De soutenir des actions de formation ainsi que des actions en faveur du développement, de la valorisation et de la diffusion de connaissances scientifiques et technologiques, notamment dans les domaines étudiés au sein du laboratoire souterrain et dans ceux des nouvelles technologies de l’énergie.
»
— Article 13 de la loi du 28 juin 2006
L’adhésion de plein droit au GIP est ouverte à l’ensemble des communes et groupements de communes de la zone de proximité définie dans le décret n° 2006-1606 du 14 décembre 2006. Le financement des GIP est également révisé dans le cadre de la loi du 28 juin 2006. Ils bénéficient d’une partie du produit des taxes additionnelles dites "d’accompagnement" et "de diffusion technologique" à la taxe sur les installations nucléaires de base. Le montant global de cet accompagnement économique est doublé à 20 millions d’euros par département, soit 40 millions d’euros par an au total.
Dans le cadre du Comité de haut niveau installé en 2005, les producteurs de déchets radioactifs Areva, CEA et EDF se sont engagés au-delà de l’action des GIP autour du développement économique local (accès des entreprises locales aux appels d’offres des trois industriels, soutien aux projets économiques) et du développement énergétique (soutien aux projets des particuliers ou des établissements publics pour la maîtrise de l’énergie, valorisation de la filière biomasse). Dans ce cadre, le CEA étudie la possibilité d’installer une unité de production de biocarburants de deuxième génération d’ici 2010, pour un investissement évalué à 100 millions d’euros et la création d’une centaine d’emplois.