Dans le domaine de la biologie, le « problème Krakatoa » consiste à déterminer si les îles furent totalement stérilisées par l'éruption de 1883 ou si des traces de vie survécurent. Lorsque les premiers chercheurs atteignent les lieux en mai 1884, la seule espèce qu'ils trouvent est une araignée dans une crevasse sur le versant sud du Rakata. Toutefois, la vie recolonise rapidement les îles : le versant oriental est re-végétalisé par des arbres et des arbustes, probablement transportés sous forme de graines par les courants marins ou relachés dans les fientes d'oiseaux. Le milieu reste fragile et la végétation des différentes îles a été gravement affectée, à plusieurs reprises, par les éruptions récentes.
En octobre 1916, un allemand du nom de Johann Handl obtient un permis de prospection minière pour extraire des ponces. Son bail représente une superficie de 8,7 km2, correspondant grossièrement à la moitié orientale de l'île de Krakatoa, pour une durée de trente ans. Il occupe le versant méridional du Rakata environ quatre ans lorsqu'il est contraint à renoncer à son activité en raison d'une violation des termes de l'accord. Entre temps, il a construit une maison et planté un jardin avec quatre familles européennes et environ trente coolies. Il semblerait qu'il ait également introduit involontairement le rat noir. Il a découvert, en creusant, la présence de bois non brûlé en dessous des dépôts de cendre de 1883, ainsi que d'eau fraîche à cinq mètres de profondeur.
La côte occidentale de Java est devenue une zone balnéaire très appréciée des Jakartanais aisés, qui viennent y passer le week-end. Krakatoa est une excursion qui fait partie de leurs activités. Le point de départ est le port de Labuan, mais on peut également s'y rendre depuis les stations balnéaires d'Anyer et Carita.
Les îles Krakatau sont un lieu de pratique de la plongée sous-marine.
| Réserve naturelle de Pulau Anak Krakatau | |
|---|---|
| Catégorie IUCN | Ia |
| Identifiant | 101486 |
| Superficie | 137,35 km2 |
| Création | 1990 |
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Après le départ de Handl, la partie occidentale de l'île de Krakatao ainsi que Verlaten sont classées monument national en juillet 1919. La partie orientale est ajoutée en 1925 et les îles sont incluses dans la réserve d'Ujung Kulon, établie en 1921. En 1980 elle est élevée au statut de parc national, s'étalant sur une superficie de 1 206 km2 dont 443 km2 marins. Un différend, basé sur le fait que l'archipel ne pouvait pas à la fois être administré par les autorités de la province de Lampung à Sumatra et dépendre d'un parc javanais, a conduit à la création en 1990 d'une réserve séparée au sein du parc. Elle est surveillée par des gardes installés sur l'île de Sertung, bien que depuis 1996 ils soient privés de bateau pour patrouiller de façon permanente. Enfin, en 1992, le parc est classé au patrimoine mondial de l'UNESCO. Les derniers rhinocéros de Java, dont la population est estimée à moins de soixante individus, ont trouvé refuge dans le parc mais restent absents du Krakatoa, beaucoup plus au large.