Jules Janssen partage la découverte de l'hélium avec sir Joseph Norman Lockyer. Il publia en 1904 l'Atlas de photographies solaires, avec près de 6 000 prises de vue en grande partie obtenues à l'observatoire de Meudon.
La Société Astronomique de France décerne chaque année depuis 1960 un Prix Jules Janssen.
La ville de Meudon a nommé une place en son honneur. Un cratère lunaire porte son nom (45,4°S, 40,3°E) ainsi qu'un cratère martien.