Jean-Loup Chrétien a quatre enfants d'un premier mariage et une fille de son second mariage avec une Américaine. Divorcé, il a pour compagne Catherine Alric.
Suite à ses missions à bord des vols Soyouz, il a reçu le titre de Héros de l'Union soviétique. Il est également décoré de l'Ordre de la bannière rouge du travail, de la médaille des vols spatiaux de la NASA, Commandeur de la Légion d'honneur, et chevalier de l'Ordre national du Mérite.
Jean-Loup Chrétien est membre du conseil pour l'Académie de l'air et de l'espace et du musée français de l’Air et de l'Espace. Il est également un membre de l'institut américain de l'Aéronautique et de l'Astronautique, de l'académie internationale de l'Astronautique, et de l'association des explorateurs de l'espace (Space Explorers Association).
Il y a aussi un collège à Questembert, en Bretagne (Morbihan), qui porte son nom, ainsi qu'une école primaire à Prémesques, dans le département du Nord. Il a été élu Breton de l'année par Armor magazine en 1997.