Le 12 juin 1787, Jean-Denis Lanjuinais épouse, à Rennes, Julie-Pauline-Sainte Des-champs de la Porte (1769-1841), fille du lieutenant à la maîtrise des Eaux et forêts de Rennes et conseiller du roi. Pour conserver leurs biens pendant la Terreur les époux divorcent de novembre 1793 au 19 mars 1795.
Ils eurent six enfants, dont trois survécurent :
Il est inhumé au cimetière du Père-Lachaise (30ème division, Avenue des Peupliers) auprès de la comtesse Eugène Lanjuinais, née Françoise Dornau (1805-1829), du comte Eugène Lanjuinais (1755-1835), chanoine de la cathédrale de Rennes, du comte Paul Lanjuinais (1799-1872), pair de France, officier de la Légion d'honneur, et de son épouse Marie Louise Eugénie de Janzé (1810-1861), du vicomte Victor Ambroise Lanjuinais (1802-1869), député de Nantes, ministre de l'agriculture et du commerce, chevalier de la Légion d'honneur, de la vicomtesse de Lanjuinais, née Louise Pillet-Will (1839-1870), du comte Paul Henri Lanjuinais (1834-1910), député, président du Conseil général du Morbihan et de son épouse Marie Alexandrine de Boisgelin (1849-1906).