Le mot kejawen ( de Jawi, "Java") désigne un ensemble d'éléments considérés comme propres à la culture javanaise. Il inclut des croyances et des pratiques antérieures à l'islam, qu'on pourrait qualifier de "religion traditionnelle" javanaise et qu'on appelle kebatinan (de l'arabe bathin, "intérieur, spirituel"). La loi indonésienne ne reconnaît pas le kejawen comme religion. Les Sundanais aussi maintiennent une tradition de croyances et de pratiques antérieures à l'islam.
La majorité des Javanais au sens ethnique sont vraisemblablement musulmans, mais il n'existe aucune statistique sérieuse sur cette question. Les autres groupes ethniques de Java : Betawi (Jakartanais « autochtones »), Madurais et Sundanais, sont traditionnellement à majorité musulmane. Il existe encore quelques enclaves d'hindouisme à Java : dans la région de Banyuwangi, où vit une population appelée Osing, dans le massif montagneux du Tengger autour du volcan Bromo, et sur le flanc ouest du volcan Lawu à l'est de Solo. Parmi les Javanais « de souche », le bouddhisme est marginal. Les Indonésiens d'origine chinoise sont généralement confucianistes ou chrétiens.
On ne connaît pas encore très bien les circonstances qui ont amené à l'introduction de concepts et de modèles culturels et religieux indiens à Java. On peut seulement constater leur présence au moins dès 450 après Jésus-Christ, par une inscription en sanscrit et en écriture pallava trouvée à l'est de Jakarta. Les derniers princes hindouistes de Java se sont convertis à l'islam en 1770. Sur la côte sud de Java, dans le village de Balekambang, se trouve, à 100 mètres de la plage, un îlot sur lequel on a construit un petit temple hindouiste, sur le modèle de Tanah Lot à Bali.
Il y a eu un royaume bouddhiste dans le centre de Java, qui a construit le temple de Borobudur. Il coexistait avec le royaume shivaite de Mataram qui a construit Prambanan.
Il est impossible de dater l'arrivée de l'islam à Java. Dans un mausolée à Leran près de Surabaya, il y a une stèle musulmane datée de 1082. Sur le site de la capitale du royaume de Majapahit, au sud-ouest de Surabaya, on trouve une série de tombes musulmanes dont la plus ancienne est datée de 1376 et est peut-être celle d'un membre de la famille royale. L'essor de la route de la soie maritime, contrôlée par des marchands musulmans, qui passait par l'archipel indonésien, amène ces marchands musulmans à jeter l'ancre dans les ports de la côte nord de Java. Les princes de ces ports trouvaient avantage à se convertir à l'islam, ce qui leur permettait d'entrer dans ce réseau marchand. Tomé Pires, un apothicaire de Lisbonne qui séjourne à Malacca de 1512 à 1515 (soit juste après la prise de la cité par les Portugais), note que tous les rois de Sumatra sont musulmans mais que ce n'est pas le cas des populations.
Quand on parle de religion, il faut avoir à l'esprit que celle-ci est observée par les souverains et leur entourage immédiat. La population, notamment dans les campagnes, est imprégnée de croyances et pratique des rites antérieurs à l'arrivée du bouddhisme, de l'hindouisme et de l'islam. Dans le cas de l'islam, on voit qu'entre la date de 1082 pour la stèle de Leran et celle de 1770 pour la conversion du dernier prince hindouiste de Blambangan, sa diffusion est un long processus, d'autant plus qu'il y a toujours aujourd'hui à Java des populations restées hindouistes.
Ce sont les Hollandais qui introduisent le christianisme à Java, dans les villes où ils résident. La plus ancienne église de Java est la Gereja Sion à Jakarta, construite en 1695. Un métis, Coenrad Laurens Coolen, fonde en 1827 à Java Est un village chrétien en marge de la communauté chrétienne de Surabaya. En 1855, un Javanais du nom de Tulung Wulung se convertit au protestantisme et voyage à travers Java pour évangéliser, contre l'avis des missionnaires et des autorités hollandaises. Le cas le plus fameux est celui de Sadrach, un Javanais disciple de Tulung Wulung qui prend la tête d'une communauté chrétienne en 1876. Ces Javanais diffusent un christianisme lié au défrichement dans une Java encore couverte de forêts.
Enfin, il existe encore une synagogue à Surabaya, autour de laquelle se trouve une minuscule communauté juive d'origine irakienne.