Le Jardin des plantes de Paris est desservi par la ligne de métro à la station gare d'Austerlitz et dans une moindre mesure par la ligne aux stations Jussieu, Place Monge et Censier - Daubenton ainsi que par le RER C à la gare de Paris-Austerlitz, par les lignes de bus RATP 24 57 61 63 89 91 et, à proximité, par la navette fluviale Voguéo.