Influencé par l'Anglais John Wyclif, il s'interroge sur les conséquences pratiques de l'obéissance au Christ, prononce des sermons, en particulier au sein de la Chapelle de Bethléem, à Prague, contre ce qu'il appelle les erreurs du catholicisme et se consacre à la réforme de l'Église.
Il se trouve bientôt à la tête d'un mouvement national de réforme et prend publiquement la défense des écrits de John Wyclif condamnés par une bulle pontificale en date du 20 décembre 1409 qui ordonne la destruction des ouvrages de Wyclif et l'interdiction de prêcher sa doctrine. Jan Hus fait appel au « pape de Pise » Alexandre V mais en vain.
Alexandre V meurt en 1410, Jean XXIII lui succède et entreprend, en 1411, une croisade contre le roi Ladislas Ier de Naples, protecteur du « pape de Rome » Grégoire XII (Ladislas avait surtout envahi Rome et est l'allié des Colonna). Cette croisade doit être financée et les indulgences sont un moyen pratique pour la papauté pour lever des fonds.
Hus s'élève contre ce « trafic » dans son adresse Quaestio magistri Johannis Hus de indulgentiis, quasiment une copie conforme du dernier chapitre du De Ecclesia de Wyclif. Le pamphlet hussite déclare qu'aucun prêtre, qu'aucun évêque, aucun religieux ne peut prendre l'épée au nom du Christ ; ils doivent prier pour les ennemis du Christ et bénir ceux qui le combattent. Le repentir de l'homme passe par l'humilité, pas l'argent ni les armes ni le pouvoir. Remarquable orateur, il provoque l’émeute du peuple de Prague qui est durement réprimée. Le 24 juin 1412, un cortège d’étudiants conduit par le disciple de Hus, Jérôme de Prague, va clouer au pilori la bulle du pape et la brûle ensuite. Trois étudiants, qui ont interrompu un prêtre pendant qu’il prêchait l’achat d’indulgence, sont exécutés à la hache.
Les docteurs de la faculté de théologie répondent contre Hus.
Les détracteurs de Jan Hus, ne pouvant s’appuyer sur les aspects sociaux ou patriotes vont chercher à l’atteindre à travers ses positions religieuses. Ils vont tout d’abord s’appuyer sur sa pseudo admiration pour l’approche théologique de Wyclif pour l’accuser d’hérésie.
Excommunié le 21 février 1411 par Grégoire XII, Hus en appelle au jugement du Christ, instance inconnue du droit canonique. Il ne limite pas aux seules autorités ecclésiastiques ses diatribes et reste soutenu par les pragois. Hus entre, cette année-là, en conflit avec le roi de Bohême Venceslas IV, qui avait autorisé des envoyés du pape à vendre des indulgences pour l'organisation d'une croisade contre le roi de Naples. Il devient Persona non grata à Prague. Le soutien pragois donnera lieu à des manifestations à l’occasion desquelles trois « disciples » seront exécutés en public ce qui dressera ainsi le peuple contre le roi et l’église. Jan Hus se retire au château de Kozí Hradek, dans le sud de la Bohême, afin d’y rédiger son ouvrage De ecclesia et une Explication des Saints Évangiles (1413).
Jan Hus étudie à l'université de Prague où il obtient sa licence en 1393 et la maitrise en arts libéraux en 1396. En 1400, il est nommé professeur à l'université, ordonné prêtre et il commence à prêcher à l'église de Saint-Michel. En 1401, il devient doyen de la faculté de philosophie et, un an plus tard, recteur de l'université de Prague.
En linguistique, dans De orthographia bohemica (De l'orthographe du tchèque), Jan Hus invente une orthographe utilisant des diacritiques comme le point suscrit, devenu ensuite le háček pour noter ce que les langues slaves considèrent grammaticalement comme des consonnes molles. il préconise l'usage de l'accent (au lieu du redoublement des voyelles) pour noter les voyelles longues. À l'époque, le papier ou le parchemin est un produit de luxe et économiser de l'espace lors de l'écriture constitue une économie précieuse.
Comparez sch et š - tsch et č.
Cette diacritique, adoptée par le croate, le slovaque et le slovène, est parfaitement adaptée au slave, à sa grammaire, ses flexions. Globalement, elle correspond, dans l'alphabet latin, aux modifications apportées par Cyrille et Méthode au grec lorsqu'il créent l'alphabet glagolitique avec lequel maitre Hus a pu se familiariser au cloître d'Emmaüs de Prague, fondé le 21 novembre 1347, qui est alors un centre important de la culture et de la liturgie en vieux slave.
Prague est capitale du Saint-Empire romain germanique et son université, véritablement internationale, est divisée en sections (aussi appelées « nations ») bavaroise, tchèque, saxonne et polonaise. Chacune des nations dispose d'une voix lors des votes décisifs sur l'administration de l'université.
En 1407, l'archévêque de Prague est chargé par le pape Grégoire XII d'interdire la diffusion des thèses hérétiques de John Wyclif. L'université (le système éducatif est alors religieux et dominé par l'Église) condamne comme hérétiques les théories de Wyclif, dont on sait qu'elles ont été introduites en Bohême une vingtaine d'années auparavant : en 1381 son opinion sur l'eucharistie est débattue par Mikuláš Biskupec et, en 1393, c'est l'archevêque de Prague, Jean de Jenstein, qui prêchait contre les idées wycliffiennes au regard de la richesse (ou plutôt de la pauvreté nécessaire) de l'Église.
Jan Hus avait traduit le Trialogus de Wyclif en tchèque. Il louvoie entre son allégeance envers l'Église et son idéal wycliffien : le 14 mai 1408, la nation tchèque de l'université de Prague (sous la houlette de Hus) rejette publiquement les articles de Wyclif mais souligne que, correctement interprétés dans leur contexte, ces articles ne sont pas totalement hérétiques. L'archevêque de Prague, benoîtement, écrit au pape Grégoire XII qu'il n'y a pas d'âme errante en Bohême.
Les autres nations décident de se ranger fermement auprès de Grégoire XII mais Hus utilise, pour défendre son idéal, l'opposition du roi Venceslas à Grégoire XII et obtient, en 1409, que la nation tchèque eut trois voix lors des votes décisifs sur l'administration de l'université, les autres nations n'en bénéficiant que d'une voix chacune. Cette décision, appelée aussi décret de Kutná Hora, provoque le départ des professeurs allemands qui contribuent à la fondation de l’université de Leipzig en mai 1409.
L'université de Prague perd alors la majorité de ses étudiants et de sa faculté et décline pour devenir un établissement au rayonnement tout au plus national. Pendant quelques décennies, aucun titre n'est distribué. Il faut attendre l'empereur Sigismond puis surtout Rodolphe II qui refait de Prague sa capitale, pour voir l'université renaitre de ses cendres.