House décrit à un certain moment son meilleur ami comme un pote auquel les gens disent merci quand il leur annonce qu'ils vont mourir. Wilson utilise d'ailleurs souvent son charisme auprès des patients pour convaincre ceux de House à accepter un traitement ou une intervention.
Les trois mariages de Wilson s'étant tous trois conclus par un divorce, House en déduit que Wilson a besoin de réparer les femmes vulnérables qu'il rencontre et que, lorsque son couple commence à devenir rodé et bien ajusté, ce grâce à l'attention qu'il porte à sa compagne, il devient subitement mécontent de cette relation et y met fin. On sait lors d'un rendez-vous avec Lisa Cuddy que Wilson ne désire pas d'enfant, et préfère donc les relations peu stables où sa présence est strictement nécessaire.
Wilson n'hésite pas à venir à la défense de House lorsque la carrière de ce dernier est en danger. Ainsi lorsqu'Edward Vogler propose au conseil d'administration de l'hôpital une motion pour le renvoi de House, Wilson est le seul membre du conseil à voter contre. En représailles, Vogler propose et obtient le renvoi de Wilson du conseil d'administration, mais celui-ci y est vite réintégré grâce au docteur Lisa Cuddy après qu'elle eut convaincu le conseil que la véritable menace contre l'hôpital venait de Vogler, et non pas de Wilson.
Wilson tente également de désintoxiquer House de son addiction au vicodin, avec un succès mitigé. Après un pari avec Cuddy pour prouver son addiction à cet analgésique, House admet qu'il a bien une addiction, mais que celle-ci ne pose pas problème, étant donné qu'elle n'influe pas sur son travail. Quand le détective Michael Tritter menace House d'emprisonnement pour sa dépendance au Vicodin, Wilson tente de convaincre House de se désintoxiquer avant que la situation n'empire. Tritter fait de multiples pressions sur Wilson pour le forcer à témoigner, ce à quoi il consent finalement à contrecœur, après avoir vu House frapper Robert Chase, insulter Lisa Cuddy et faire une erreur de diagnostic à propos d'un cas qui aurait nécessité une amputation. On apprend dans Démission… (saison 3, épisode 22), que Wilson souffre d'une dépression et qu'il utilise une ordonnance de l'hôpital pour se procurer des antidépresseurs.
Dans Celle qui venait du froid, House se rend compte que Wilson sort avec Amber Volakis, une ancienne étudiante que House a affublé du surnom de Abominable garce. Au début, House s'oppose à cette relation qu'il trouve contre-nature, et, sous la pression de House, Wilson ment en disant qu'il la drague depuis des mois avant que House ne la vire de son équipe. En fait, ils ne se voient que depuis quelques semaines, c'est-à-dire après que House l'eut virée. Finalement, House donne de mauvaise grâce son accord à cette relation. Dans le dernier épisode de la saison 4, Amber Volakis meurt suite à des complications après un accident de bus. Wilson est effondré et cesse toute relation avec House quand il apprend qu'Amber était dans le bus par la faute de House. Il ne renoue avec ce dernier que pendant l'épisode 4 de la saison 5 de la série, à l'occasion du décès du père de House. Il reprendra alors son rôle de conseiller et soutien moral, mais aussi de meilleure victime des plaisanteries de House.
Il sera la première personne qui apprendra les problèmes de House avec la drogue dans la fin de la saison 5, et l'accompagnera à l'hôpital de Mayfield pour sa désintoxication et ses psychoses.