Le jaguarondi est facile à apprivoiser et a été domestiqué dès l'ère pré-colombienne pour chasser les rats et les souris, à la manière d'un chat domestique.
Le terme jaguarondi vient du guaraní « yagua-rhundi ». En raison de son apparence de mustélidé, on le surnomme « chat loutre ». Les cruciverbistes le connaissent sous le nom d'« eyra ».
Les nombreux langages et dialectes d'Amérique du Sud lui attribuent plusieurs autres noms : il est appelé « yagua-rhundi » et « mbaracayácira » en guaraní, « gato mourisco » et « maracaja-preto » au Brésil.
Le jaguarondi se rencontre dans les forêts primaires, les savanes et les prairies. Il se déplace volontiers dans les marécages, mais est plus rare dans les forêts humides. On peut le trouver du niveau de la mer à 3 200 mètres d'altitude, mais il n'est que rarement présent au-dessus de 2 000 mètres.
Son aire de répartition s'étend du sud des États-Unis au nord de l'Argentine ; il est présent uniquement sur la partie est de l'Équateur, du Pérou et de la Bolivie. Il aurait disparu de l'Uruguay et se fait rare dans le sud-ouest des États-Unis, dans le bassin de l'Amazone et au Mexique.
Une population de jaguarondis est présente en Floride. Il s'agit d'une ancienne population domestiquée relâchée dans la nature dans les années 1940.
La robe terne du jaguarondi l'a protégé des braconniers, sa fourrure n'ayant que très peu de valeur. Les conflits avec les agriculteurs sont fréquents puisque ce félin n'hésite pas à se servir en volaille. La menace majeure reste la perte de son habitat, limitée par l'excellente adaptabilité de ce félin (il peut vivre autant en milieu humide qu'en milieu sec, boisé ou herbeux).
Bien que la tendance soit à la baisse de population, le jaguarondi est classé en préoccupation mineure (LC) par l'UICN excepté pour la sous-espèce cacomitli classée comme en danger (EN).
Les spécimens d'Amérique du Sud sont classés en annexe II de la CITES (autorisation du commerce international sous licence) tandis que les populations plus sensibles d'Amérique centrale et du Nord sont classées en annexe I (tout commerce interdit). Le Paraguay bénéficie d'un quota d'exportation de trente individus vivants par an depuis 2002. Toutefois, même dans les zones à réglementation moins restrictives, le jaguarondi n'est pas exploité commercialement.
Il est protégé sur la majeure partie de son aire de répartition. Seuls le Brésil, le Nicaragua, le Salvador, la Guyane et l'Équateur ne l'ont pas protégé. La chasse est réglementée au Pérou.