Le jaguarondi est essentiellement diurne bien qu'il lui arrive de chasser après le coucher du soleil. Son corps longiligne lui permet de se faufiler dans les sous-bois, mais aussi d'être un bon nageur. À l'inverse des autres félins d'Amérique du Sud et centrale, le jaguarondi n'est pas arboricole.
Des félidés, seuls les lions ont une vie réellement de clan. Cependant, plusieurs observations ont fait état de jaguarondis se déplaçant et chassant en couple mais on ignore encore s'il s'agissait d'un couple reproducteur ou non.
Le jaguarondi vit en moyenne huit ans et jusqu'à quinze ans en captivité.
Il chasse principalement les oiseaux au sol comme les dindons sauvages et les cailles, les rongeurs et les reptiles, mais se nourrit aussi d'invertébrés, de poissons échoués et de grenouilles. Au Belize, une analyse des excréments a révélé que les arthropodes et les rats forment à plus de 70 % l'essentiel de son régime alimentaire, le reste étant composé d'oiseaux. Il ne rechigne pas non plus à visiter les poulaillers.
Le territoire du jaguarondi couvre 15 à 100 km². Celui des femelles est plus petit.
Il n'y a pas de saison de reproduction, bien que les accouplements forment un pic en automne dans la partie nord de son aire de répartition. L'œstrus dure de deux à quatre jours. La tanière est un arbre creux, ou un fourré dense de broussailles ou d'herbes où prendront généralement naissance deux ou trois chatons, parfois quatre, au bout de deux mois et demi (soit 70 à 75 jours) de gestation. Ils commencent à manger de la viande à six semaines, mais deviennent véritablement indépendant à l'âge de deux ans. La maturité sexuelle est acquise à deux ou trois ans.
Le jaguarondi peut émettre 13 cris différents.
La nomenclature du jaguarondi a notablement évolué. Dans les années 70, ce félin est placé dans le genre Herpailurus, dans la sous-famille Felis. Puis, durant la fin du XXe siècle, le jaguarondi (yagouaroundi) et le puma (concolor) furent considérés comme monophylétique et placés conjointement dans le même genre Puma.
L'espèce jaguarondi peut être désignée par les synonymes suivants :
La phylogenèse est l'étude des fossiles d'un animal afin de préciser l'apparition et l'évolution d'une espèce. Cependant, il existe assez peu de fossiles de félins, et la phylogénie moderne s'appuie essentiellement sur les analyses génétiques. Des travaux menés en 2007 ont montré que les félins ont divergé en huit lignées. L’ancêtre commun des lignées Leopardus, Lynx, Puma, Prionailurus et Felis aurait traversé la Béringie et colonisé l’Amérique du Nord il y a environ 8 à 8,5 millions d’années. La lignée Puma qui contient également le genre Acinonyx constitue la sixième lignée et a commencé à diverger il y a 6,7 millions d'années de l'ancêtre commun aux sixième et septième lignées. Le Jaguarondi et le Puma ont divergé il y a un peu plus de 4 millions d'années. Les félins nord-américains ont ensuite envahi l’Amérique du Sud par l’isthme de Panama il y a 3 millions d’années durant le Grand échange inter-américain. À la fin de l'ère glaciaire, les Puma réfugiés en Amérique du Sud remontèrent vers l'Amérique du Nord il y a 8 000 à 10 000 ans.
Arbre phylogénétique de la lignée du puma
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Huit sous-espèces se distinguent par leur aire de répartition :