Jacques Gauthier est un paléontologiste des vertébrés, spécialiste de la systémique et un des promoteurs de l'utilisation de la cladistique en paléontologie.
Il reçut un baccalaureate of science de Zoologie à l'Université d'État de San Diego en 1973, un Master of Science du même institut en 1980, et un PhD de Paléontologie de l'Université de Californie à Berkeley, en 1984. Il est actuellement professeur de géologie et géophysique et conservateur des sections de paléontologie et de zoologie des vertébrés à l'Université Yale. Sa thèse de licence fut la première analyse cladistique majeure sur les diapsides et ouvrit une discussion à propos de la Monophylétique des dinosaures.
Il continua dans cette voie avec un article important sur la fait que les oiseaux étaient issus des théropodes. C'était la première analyse cladistique détaillée des dinosaures théropodes. Elle fut à l'origine d'une révolution dans la phylogénétique des dinosaures qui vit la cladistique remplacer le système de Carl von Linné dans la classification des espèces et une compréhension de la phylogénétique des dinosaures. Les travaux de Gauthier en 1984 et 1986 font encore références dans l'analyse cladistique moderne des diapsides et des dinosauriens.
Plus récemment, l'équipe du professeur Gauthier appliquèrent la méthode cladistique à la phylogénie des amiotes en argumentant dans le sens d'une restriction taxonomique des tétrapodes à un groupe éteint. Avec Kevin de Queiroz, il proposa de remplacer la taxonomie binomial de Linné par un système qui deviendra le PhyloCode.
L'ensemble des références sont en langue anglaise.