Method of Fluxions and Infinite series (La Méthode des fluxions et des suites infinies) : ouvrage de calcul différentiel, terminé en 1671, publication posthume en 1736.
De motu corporum in gyrum (Du mouvement des corps sur orbite), ouvrage envoyé à Edmund Halley en 1684. En français : Du mouvement des corps, Gallimard, coll. « Tel », Paris, 1995
De gravitatione et equipondio fluidorum. En français : De la gravitation, Gallimard, coll. « Tel », Paris, 1995
Philosophiæ Naturalis Principia Mathematica, Londres, 1687, 2e éd. 1713, 3e éd. 1726.
Opticks, Londres, 1704. Il s'agit d'un ouvrage majeur dans l'histoire des sciences, traitant de la lumière et de sa composition. En français : Optique, Christian Bourgois éditeur, Paris, 1989.
Arithmetica Universalis, publié en 1707 rassemble des notations sur divers concepts mathématiques.
Lectiones opticae, publié à titre posthume en 1728.
Autres œuvres, publiées à titre posthume
A treatise of the system of the world London, publié à titre posthume en 1728.
The chronology of ancient kingdoms amended (La chronologie des anciens royaumes corrigée), publié à titre posthume en 1728.
Observations upon the prophecies of Daniel and the apocalypse of St John, publié à titre posthume en 1733.
Two letters of Sir Isaac Newton to Mr. Leclerc...containing a Dissertation upon the Reading of the Greek Text, publié à titre posthume en 1754.
Œuvres non publiées
Of Natures Obvious Laws & Processes in Vegetation (Des lois évidentes de la nature et du processus de la végétation) (1671–75), ouvrage sur l'alchimie non publié.
Ouvrages rassemblant des écrits de Newton
Écrits sur la religion, Gallimard, Paris, 1996, 263 p.