L'IRDES est dirigé par un directeur dont les orientations en matière scientifique sont légitimées par un Conseil scientifique regroupant des personnalités scientifiques de diverses disciplines (économie, santé publique, démographie, épidémiologie, statistique) ainsi que des gestionnaires de la recherche (DREES, CNAMTS, Mutualité). Il est actuellement présidé par François Heran, chercheur de l’INED. Son orientation et ses principales décisions de gestion sont discutées deux ou trois fois par an par son conseil d’administration dans lequel figurent les principaux financeurs de l’IRDES : la Caisse nationale d’assurance maladie des travailleurs salariés (CNAMTS), la Fédération nationale de la mutualité française (Mutualité Française), le CNRS, la Régime social des indépendants (RSI) et la Mutualité sociale agricole (MSA).
Il est composé d'une équipe pluridisciplinaire de chercheurs associant économistes, médecins, statisticiens, géographes, sociologues, documentalistes, soutenus par un important service de documentation et de diffusion, ainsi que par une équipe d'informaticiens et de gestionnaires de bases de données.
Producteur de données et d'analyses en économie de la santé, l'IRDES a pour objectif de contribuer à nourrir la réflexion de tous ceux qui s'intéressent à l'avenir du système de santé. Multidisciplinaire, l'équipe de l'IRDES observe et analyse l'évolution des comportements des consommateurs et des producteurs de soins à la fois sous l'angle médical, économique, géographique... La mise à disposition de l'information ainsi que la formation font également partie de ses missions.
Ainsi, l'activité de l’IRDES se partage entre trois missions principales :
Les axes de recherche de l'IRDES couvrent un ensemble varié de problématiques et d'analyses regroupées en quatre pôles thématiques : organisation et financement des soins ambulatoires, régulation des professions de santé, pratiques professionnelles ; organisation, financement, qualité et recours aux soins hospitaliers et alternatifs à l'hospitalisation ; état de santé, recours aux soins et déterminants ; systèmes de santé, financement, assurance et régulation.