Depuis sa fondation, l’Institut Pasteur a réuni des scientifiques de nombreuses disciplines différentes pour des études supérieures. Aujourd’hui, approximativement 300 étudiants diplômés et 500 stagiaires postdoctoraux de 40 pays différents participent à des programmes d’études supérieures à l’Institut. Il y a des pharmaciens et des vétérinaires, aussi bien que des médecins, des chimistes et d’autres scientifiques.
En tant qu’organisation privée à but non lucratif, l’Institut Pasteur est dirigé par un comité indépendant de directeurs, actuellement présidé par François Ailleret. Le directeur général de l’Institut Pasteur est Alice Dautry.
Financé par de nombreuses sources, l’Institut assure son autonomie et garantit l’indépendance de ses scientifiques. Les fonds de l’Institut viennent, entre autres, des subventions du gouvernement français, des honoraires de consultation, des droits de licence, des revenus de différents contrats et de dons privés.
Pour promouvoir son action auprès du public et lui permettre de faire appel au don en confiance, la section française de l’organisation, en tant qu’association, adhère au Comité de la Charte.
La production et la vente de tests de diagnostic développés dans les laboratoires de l’Institut sont sous la responsabilité de Sanofi Diagnostics Pasteur, une filiale de la firme pharmaceutique française Sanofi, alors que la production et la vente des vaccins sont sous la responsabilité de Pasteur Mérieux, Sérums et Vaccins.