Sa structure est vouée à la détection et à l'élimination pure des menaces internes de l'Imperium : les mutants, psykers incontrôlés, conspirateurs et autres renégats. Cet Ordo aussi dispose d'Inquisiteurs prenant le titre de "Chasseurs de sorcières". Leur bras armé est l'"Adepta Sororitas", Ordre de femmes guerrières obéissant à l'Ecclésiarchie de Terra et faisant office de Chambre Militante pour l'Ordo Hereticus. Les guerrières de l'Adepta Sororitas sont aussi appelées Sœurs de Bataille et constituent une armée à caractère unique qui emploie souvent des Hérétiques psycho-endoctrinés et bio-modifiés à qui on injecte des drogues de combats pour en faire de véritables machines à tuer suicidaires. Ces procédés sont censés leur permettre de laver leurs péchés dans la mort.