Une infection urinaire est définie par la colonisation des voies urinaires par des bactéries, ce qui se traduit le plus souvent par des signes infectieux urinaires. Elles sont très fréquentes, en particulier chez les nourrissons et les jeunes enfants, les femmes enceintes. Il existe deux tableaux principaux d'infection urinaire : la cystite (infection de la vessie) et la pyélonéphrite (infection du rein). Elles se traitent très bien par antibiotiques. L'insuffisance ou l'absence de traitement de la pyélonéphrite peut mener à des complications sévères (cf infra). Les infections urinaires sont les infections bactériennes les plus fréquentes quel que soit l'âge.
Entre 20 et 50 ans, les infections sont 50 fois plus fréquentes chez la femme, mais après 50 ans l’incidence chez l’homme augmente nettement du fait de l’augmentation des maladies prostatiques, et le ratio est donc seulement de 3/1 chez les sujets âgés.
L'infection urinaire chez l'homme a pratiquement toujours une cause anatomique. Schématiquement : malformations congénitales dans l'enfance et l'adolescence, problèmes prostatiques chez l'homme âgé, calculs et tumeurs entre ces deux ages. La tuberculose rénale semble pouvoir aussi être une cause "anatomique" favorisante.
La plupart du temps, les bactéries proviennent des intestins. Pour cette raison, les femmes sont plus sujettes aux infections urinaires (cystite) en raison de la proximité du méat urinaire et de l'anus et de la brièveté de l'urètre.
Les germes les plus fréquemment en cause sont Escherichia coli (75 % des cas), Proteus mirabilis, Klebsiella, tous trois des entérobactéries (bacilles gram-négatif). Il faut ajouter Staphylococcus saprophyticus, cocci à gram-positif, dont la fréquence oscille entre 5 et 25 % des cas selon les pays et quelques autres germes beaucoup plus rares. Le cas particulier des infections urinaires à Lactobacillus entre, avec quelques autres cas, dans la catégorie de ce qu'on appelait les "cystites à urines claires" qui sort de ce cadre.
Une infection urinaire peut-être simple ou compliquée. Elle est dite simple (critères ANDEM) lorsque tous les éléments suivants sont réunis : évolution depuis moins de trois jours chez une femme âgée de 15 ans à 65 ans, sans terrain à risque particulier (diabète, grossesse, insuffisance rénale, immunodépression, contexte hospitalier ...), sans anomalie urologique particulière, sans épisode d'infection urinaire dans les trois mois précédents. Elle est dite compliquée dans le cas contraire.
Une infection urinaire est dite sporadique s'il y a moins de deux épisodes dans les six mois précédents, ou moins de trois épisodes dans l'année précédente. Sinon elle est à répétition.
L'immaturité des voies urinaires est fréquemment responsable d'un reflux vésical (par perméabilité anormale des uretères : l'urine contenue dans la vessie ne peut normalement pas remonter vers les reins). Il existe parfois en plus des malformations urinaires.
Les infections urinaires sont particulièrement fréquentes en raison de modifications anatomiques et physiologiques inhérentes à la grossesse qui profitent aux bactéries :
La principale cause d'infection urinaire est la longueur de l'urètre, ce qui explique leur prévalence très supérieure chez les femmes : un urètre court permet plus facilement aux bactéries d'atteindre la vessie, puis parfois le rein. La prévention repose sur une toilette intime régulière, boire 1,5 l d'eau par jour et surtout la miction pré et post-coïtale.[citation nécessaire]