L'industrie pharmaceutique est sujette à de nombreuses critiques.
Dans un contexte où la mise sur le marché de médicaments innovants est moindre, les groupes de l'industrie pharmaceutique usent de diverses stratégies pour maintenir et accroître leur croissance économique. Ces pratiques commerciales ont fait l'objet d'un rapport réalisé par la Direction générale de la concurrence de l'Union européenne et paru le 8 juillet 2009, « dans l'indifférence générale » comme le relève Le Canard enchaîné qui en médiatise certains aspects. D'après ce rapport, quatre stratégies sont utilisées pour « prolonger la vie commerciale de leurs médicaments ». Le principe général est de maintenir le plus longtemps possible la réalité juridique des brevets, lesquels sont pourtant appelés à tomber nécessairement dans le domaine public (après 20 ans, voire 25 ans pour les produits pharmaceutiques ou phytosanitaires). Une des premières pratiques commerciales utilisées par l'industrie pharmaceutique est de protéger tel médicament non par quelques brevets, mais par des centaines, « jusqu'à 1300 pour l'un d'eux », ce qui permet en sus de « bloquer toute possibilité de recherche chez les concurrents ». Viennent en second lieu les pratiques d'intimidation à l'encontre des fabricants de génériques ; le rapport précité analysé par Le Canard enchaîné détaille : « 700 procédures juridiques entre 2000 et 2007, puis les règlements à l'amiable : 200 millions versés par les grands du secteur aux fabricants de génériques pour qu'ils se tiennent tranquilles ». En troisième lieu, les grands groupes de l'industrie pharmaceutique mènent des campagnes de dénigrement concernant les produits génériques, présentés comme « moins sûrs, moins efficaces, inférieurs ». Quatrième et dernière stratégie commerciale identifiée dans ce rapport : la mise sur le marché des produits dits de « deuxième génération ». Cette pratique consiste à mettre sur le marché un nouveau médicament avec les mêmes molécules présentes sous une autre forme ou avec de nouvelles concentrations : associé à des stratégies de vente efficaces, tel nouveau médicament sera massivement diffusé avant que ne sorte un équivalent générique moins cher. Les bénéfices pour les groupes pharmaceutiques sont colossaux, les bénéfices en terme de santé sont nuls et les montants des remboursements occasionnés par ces stratégies deviennent non-négligeables.
Un premier point met en cause l'indépendance et la neutralité des instances d'autorisation, de validation et de contrôle des médicaments. Les Comités d'experts sont très souvent composés de personnalités scientifiques ayant par ailleurs des intérêts financiers ou des fonctions de direction dans des laboratoires pharmaceutiques, ce qui ne va pas sans poser d'importants conflits d'intérêts : par exemple, la présence au sein du Comité de lutte contre la grippe de huit experts par ailleurs collaborateurs du fabricant Roche du Tamiflu, aurait pu faciliter la prescription massive de ce produit, alors même que la validité de certaines études sur lesquels ils s'appuyaient est sujet à débat dans une revue publiée en Décembre 2009 (longtemps après cette décision). L'efficacité du Tamiflu est aussi contesté par des sources non scientifiques.
Un second point met en cause la nature de l'information médicale. Quand des informations parviennent par d'autres canaux que ceux contrôlés par l'industrie pharmaceutique et que l'information nuit à la promotion de nouveaux produits, certains laboratoires n'hésitent pas à assigner en justice la publication, quand bien même celle-ci est officielle et assume son rôle de devoir d'information : ainsi en a-t-il par exemple été dans l'affaire ayant opposé la Caisse primaire d'assurance maladie (CPAM) de l'Aude à la filiale française du groupe AstraZeneca. Ce laboratoire a finalement été débouté. Cette plainte était considéré par le magazine attaqué comme une atteinte à la liberté d'expression.
L'orientation mercantile des prescriptions médicamenteuses ainsi que les rapports ambigus qu'entretient l'industrie pharmaceutique avec la médecine générale, font régulièrement l'objet d'enquêtes dans la presse. Ces enquêtes sont également corroborées par certains rapports officiels. Ainsi, fin octobre 2007, l'Inspection générale des affaires sociales (IGAS) a remis un rapport au gouvernement. On y trouve une dénonciation de l'excès des dépenses de l'industrie pharmaceutique : afin d'assurer la promotion de ses médicaments, celle-ci dépense, d'après ce rapport, 3 milliards d'euros par an. Le montant de ces stratégies marketing intègre le coût des 20 000 visiteurs médicaux qui sont chargés de la promotion des médicaments auprès des généralistes (cela représente 25 000 euros par an et par généraliste). D'après une étude citée dans ce rapport, « ces visites influencent plus fortement les comportements des médecins qu'ils ne le pensent ». S'appuyant sur ces données, l'IGAS préconise de « viser une réduction de plus de la moitié » de ces dépenses. Selon Le Canard enchainé, le fait qu'en France, « 90 % des consultations se soldent par une ordonnance contre 43 % aux Pays-Bas » serait dû à l'efficacité des visiteurs médicaux.
Si les médecins restent une cible privilégiée pour l'industrie pharmaceutique, celle-ci diversifie ses relais d'influence. Pour viser plus directement le grand public, alors que toute forme de publicité pour les médicaments vendus par ordonnance reste interdite, l'industrie pharmaceutique contribue à financer des associations de patients.
Parmi les critiques les plus extrêmes figure celle du journaliste Jörg Blech : « Pour maintenir la croissance titanesque de ces dernières années, écrit Jörg Blech, l'industrie de la santé doit de plus en plus souvent s'acharner médicalement sur des individus sains. » Jörg Blech poursuit en affirmant que les grands groupes pharmaceutiques et les médecins organisés en réseau international redéfinissent à ce titre le concept de santé : « les épreuves naturelles de la vie et les comportements normaux sont alors systématiquement interprétés comme étant pathologiques. ». Dans le Herald Tribune du 4 janvier 2003, Jacques Leibowitsch commente : « Persuader des gens qu'ils ont une maladie dont ils ne savaient même pas jusque-là qu'elle existait, c'est habile et bas en même temps. ». Jörg Blech affirme que les laboratoires détiennent le monopole de l'information dans le domaine de l'éducation à la santé. « Un employé de l'agence de relations publiques, Ogilvy Healthcare, à Düsseldorf, estime que 72% à 80% de tous les articles traitant des thèmes médicaux dans les médias sont à attribuer à une action de relation publique ciblée. »