Elle varie selon les époques et les pays, avec parfois des dérogations (pour les hôpitaux, de petits industriels ou artisans, les militaires, etc.) mais les rejets atmosphériques des incinérateurs sont globalement de plus en plus règlementés et surveillés, en particulier pour les émissions de dioxines, de poussières, métaux lourds et de gaz acides. La question des impacts des nanoparticules est une question émergente qui ne fait pas encore l'objet de législation pour l'incinération.
Les promoteurs d'une nouvelle génération d'incinérateurs valorisant l'énergie produite par la combustion des déchets (co- ou trigénération) arguent qu'en produisant de la chaleur et/ou de l'électricité, et en valorisant mieux la récupération des métaux ferreux et parfois non-ferreux, ils contribuent à limiter les émissions de gaz à effet de serre du secteur déchet.
Leurs détracteurs estiment qu'une politique de réduction des déchets à la source, d'écoconception des produits et de généralisation de la méthanisation des déchets organiques, seraient de ce point de vue plus efficiente. Certains notent aussi qu'une politique de réduction du volume et de la masse des emballages et suremballages et des traitements plus locaux (compostages individuels, recycleries, ressourceries, plate forme-bois, plates-forme de méthanisation, etc.) diminuerait les transports des déchets, également polluants. Cette dernière stratégie est de plus en plus soutenue dans les pays en avance du point de vue de l'environnement (Allemagne, Suède, Danemark..), et en France par l'Ademe.
En France, la loi Grenelle II fixe une limite aux « capacités annuelles d’incinération et d'enfouissement de déchets ultimes » (en fonction de certains objectifs mentionnés dans le texte de la loi). « Cette limite doit être cohérente avec l’objectif d’un dimensionnement des outils de traitement des déchets par stockage ou incinération correspondant à 60 % au plus des déchets produits sur le territoire. Cette limite s’applique lors de la création de toute nouvelle installation d’incinération ou d’enfouissement de déchets ultimes, ainsi que lors de l’extension de capacité d’une installation existante ou lors d’une modification substantielle de la nature des déchets admis dans une telle installation. Cette disposition peut faire l’objet d’adaptations définies par décret pour les départements d’outre-mer et la Corse » ;.