Avec sa fin ouverte et la question qu'elle amène : « la toupie tombe-t-elle ? », le film fait beaucoup de bruit sur Internet et des théories pour fermer ou expliquer le film sont discutées avec une certaine ardeur sur les réseaux sociaux, les forums et les sites consacrés au cinéma.
On peut en gros dégager deux grosses théories : la première présente l'histoire de Dominique Cobb, l'extracteur fugitif dont la femme Mallorie est morte, comme réelle : le niveau zéro est donc bel et bien la réalité et Robert Fischer est bien la cible.
Une variante de cette théorie considère que l'anneau de Cobb est son véritable totem, et nie donc l'importance de la toupie dans la scène finale pour déterminer si Cobb est revenu dans le monde réel. Contrairement à ce que déduit le spectateur par la présence régulière de la toupie, le totem de Mallorie, à l'écran notamment lorsque les totems sont évoqués, celle-ci n'est jamais désignée comme le totem de Cobb. De plus Cobb l'ayant touché, en théorie, il ne devrait plus fonctionner. Il s'agirait d'un détournement d'attention classique de la prestidigitation : en effet, le véritable totem de Cobb pourrait être montré régulièrement mais de façon discrète puisqu'il s'agirait de son alliance qui n'apparaît à sa main gauche que dans le monde onirique, celle-ci étant montrée régulièrement dans le film. L'anneau étant absent dans la scène finale, la fin serait donc un happy end.
La forte ressemblance entre Phillipa et James dans la scène finale et dans les souvenirs de Cobb amènent certaines personnes à douter de la possibilité de cette hypothèse, cependant outre le fait que des enfants plus âgés jouent les deux personnages par rapport au reste du film, les costumes ne sont en réalité pas identiques bien que très ressemblant entre les souvenirs et la scène finale selon Jeffrey Kurland.
Une autre variante intéressante de cette théorie permet de trouver une autre interprétation pour ces éléments que sont l'alliance et les enfants de Dom Cobb, en se basant plutôt sur leur symbolique. Selon cette théorie, la quasi totalité du film se passerait bien dans la réalité, mais Dom resterait « coincé » dans les limbes suite à sa rencontre avec Saito. Le reste du film se passerait alors dans le rêve de Dom Cobb, celui qu'il fait, enfermé dans les limbes, ayant perdu la notion de la réalité. Dans cette interprétation, Cobb rêverait de retrouver ses enfants car c'est ce qu'il souhaitait le plus au monde dans la réalité. Il s'invente donc « sa happy end » telle qu'il aurait aimé la vivre. Il fait donc des projections de ses enfants tels que dans son dernier souvenir, mais en les faisant grandir pour que cela paraisse réel (d'où leur ressemblance avec ceux de ses souvenirs). L'alliance est ici considérée comme un symbole de son attachement à sa femme décédée Mall lorsqu'il est dans un rêve. Ainsi il a cette alliance quand la projection de Mall le hante et qu'il n'arrive pas à oublier sa femme (donc pendant tout le film jusqu'à sa rencontre avec Mall dans les limbes). Par contre, après cette rencontre où il renonce à rester avec Mall dans les limbes, où il admet qu'elle n'est pas réelle, l'alliance disparait, symbolisant le fait que Dom a réussi à aller de l'avant et laisser ses remords liés à la mort de Mall de côté.
La seconde hypothèse place la totalité du film dans un rêve, le niveau zéro devenant ainsi un niveau un : Robert Fischer passe alors de cible à complice et Cobb d'extracteur à cible. L'histoire serait donc l'inception de Cobb par une équipe dirigée probablement par Miles afin de lui faire oublier sa défunte épouse.
Cette théorie a vu le jour probablement pour expliquer certaines bizarreries du film, comme les transitions quasi-onirique, la présence pour ainsi dire inexpliquée du professeur Miles à l'aéroport à la fin du film ou de Saito à Mombassa, ou encore l'aspect labyrinthique de cette dernière.
Par ailleurs, l'interprétation de cette fin peut se substituer à une explication définitive : Peu importe qu'il soit dans un monde authentique ou imaginaire, il va saisir la chance qui lui est donnée de retrouver ses enfants, qu'ils soient réels ou oniriques. Les totems n'apportent pas la preuve qu'un monde est réel, ils écartent juste le doute qu'il soit imaginé par un autre : un monde est réel jusqu'à preuve du contraire (tout comme celui du spectateur). La plus parfaite illusion d'un monde vaut la réalité, à la seule condition que l'on continue d'en ignorer la nature. C'est à opposer du drame vécu par Mall, qui n'était plus capable de vivre dans la réalité, qu'elle pensait être imaginaire. A contrario, Cobb refuserait alors de connaître la nature du monde dans lequel il se trouve, sacrifiant ainsi la certitude que le monde est réel en échange de la conservation d'un espoir qu'il le soit.
La théorie la plus sérieuse est qu'il n'y a pas de solution, le film étant comme une œuvre d'Escher, un paradoxe dans sa globalité, mais cohérent localement.