En 1924, les îles Crozet, Kerguelen, Saint-Paul et Amsterdam sont rattachées à l'administration du Gouvernement général de Madagascar, comme district des « îles éparses » dépendant de la province de Tamatave.
Depuis 1955, les îles Kerguelen constituent l'un des quatre puis cinq districts des Terres australes et antarctiques françaises (TAAF) et sont administrées depuis la ville de Saint-Pierre, à la Réunion, mais elles ne font pas pour autant partie de ce département d'outre-mer.
Elles n'ont pas d'habitants permanents et n'abritent que les scientifiques de la base établie à Port-aux-Français (de 80 en saison d'hiver à 120 en campagne d'été) et la dizaine d'ingénieurs et techniciens de la station du CNES.
L'archipel fut découvert le dimanche 12 février 1772 par le navigateur français Yves Joseph de Kerguelen de Trémarec et 4 ans après par James Cook en 1776.
Le marin britannique John Nunn fit naufrage sur l'archipel en août 1825. Nunn et ses trois équipiers restèrent bloqués sur l'île jusqu'à leur sauvetage en février 1827.
En 1893, l'aviso français Eure prend officiellement possession des îles Kerguelen au nom de la France. La même année, le gouvernement concède aux frères Henry et René-Émile Bossière l'exploitation de Kerguelen pour cinquante ans.
En 1908–1909 (à bord du J.-B.-Charcot) puis en 1913–1914 (avec la Curieuse), Raymond Rallier du Baty et son frère Henri explorent les rivages, les baies et les terres de l'archipel.
Le géologue Edgar Aubert de la Rüe assisté par son épouse Andrée entreprend l'étude géologique et géographique de l'archipel lors de quatre campagnes (1928–1929, 1931, 1949–1950, 1952).
La station permanente de Port-aux-Français créée en 1950 a permis une étude détaillée de l'environnement géophysique, géologique et des biologies animales marines, terrestres et végétales (voir ci-dessous).
Edgar Allan Poe , Les aventures d'Arthur Gordon Pym.
Pavillon créé par la France en 1986, moins contraignant que la pavillon français, pour éviter l'immatriculation des navires des compagnies françaises sous pavillon de complaisance.
Dans Le Gendarme de Saint-Tropez (1964), l’adjudant Gerbert (Michel Galabru) peste contre son maréchal des logis chef Cruchot (Louis de Funès), le menaçant d’une mutation « à Maubeuge ou dans les Iles Kerguelen ! Vous savez où c'est, vous, les îles Kerguelen ? ».