Le phosphate a été exploité de 1898 à 1917. Les ressources de guano sont également épuisées. Aujourd'hui inhabité, l'îlot n'abrite même plus de station météorologique.
Le lagon (de 5 mètres de fond en moyenne, 90 mètres au maximum (profondeur mesurée à hauteur du « trou sans fond »), eau de surface faiblement salée) est clos (ni passe ni hoa).
L'eau marine y entre par les vagues qui franchissent le cordon lors des tempêtes, mais il se dégrade : nombreux récifs et coraux morts au sud (sur 14 espèces de coraux encore présentes en 1958, il n'en restait que 8 en 1994, dominées par 3 espèces Pocillopora, Pavona et Porites).
On a aussi assisté à une dégradation de l’herbier à Ruppia maritima (phanérogames) qui couvrait 45 % du lagon, eutrophisation exacerbée par un apport de guano estimé à 650 t/an, par des nombreux oiseaux marins qui y trouvent une escale puisque l’île étant la seule terre émergée entre le continent et les plus proches archipels polynésiens (la présence de ces nombreux oiseaux rend délicate l'utilisation de la piste d’atterrissage sur l'île, ou les transbordements par hélicoptère depuis un navire). Et le nombre de cocotiers est en diminution.
Le paysage terrestre uniforme n’offre qu’un petit nombre d’habitats. À la suite d'un naufrage daté de l'an 2000, des rats ont été introduits dans cet écosystème fragile qui s'en est trouvé profondément bouleversé. La flore est très rare, constituant essentiellement en quelques bouquets de cocotiers poussant sur un sol exposé à une forte insolation, et aux cyclones sur un substrat pauvre et peu diversifié (sables et graviers coralliens) qui - dans la région nord-ouest de l’île - a été dégradé par l'exploitation du limon phosphaté (de 1892 à 1917).
Malgré des ressources limitées la faune comprend de nombreux individus vivant cependant sur l’île :
Les écosystèmes de l'île de Clipperton (bosquets, sols dénudés, lagon et fonds marins proches) sont également régulièrement recouverts par des déchets dérivants, qui forment une pollution inquiétante.
Il reste, éparpillées sur l’île, des munitions vides et de nombreuses carcasses de moteurs laissées après l'occupation américaine de 1944 et par l'ancienne exploitation du guano au début du XXe siècle. Les anciennes baraques sont en état de délabrement. Toutefois ces déchets constituent des abris artificiels pour les populations de crustacés aux heures les plus chaudes.
L’île a été recommandée par l’Oceania Program de l’Asian Wetland Bureau pour inscription en Zone humide Ramsar en 1994. Elles est toujours sur la liste des sites susceptibles d’être désignées au titre de la Convention de Ramsar.
Le 10 février 2010, le chimiquier Sichem Osprey de la compagnie norvégienne Eitzen s'échoue sur les récifs entourant l'île avec dans sa cale notamment 10 000 tonnes de xylène et des huiles animales et végétales. Des opérations de pompage doivent être mises en place pour prévenir d'éventuelles fuites de xylène (le navire est toutefois à double coque) et alléger le navire qui trois semaines plus tard est toujours échoué. Le navire est remis à flot le 5 mars 2010 sans qu'il n'y ait eu de pollution à déplorer.