Le nom de l'île (Hog Island) a été donné par les chasseurs de phoques américains qui fréquentaient ses plages et qui introduisirent en 1820 des cochons pour leur nourriture et celle d'éventuels naufragés.
Le 25 juillet 1825, la goélette française l'Aventure partie de l'île Maurice pour une campagne de chasse aux Crozet essuie une forte tempête et, à court d'eau, envoie sur les Cochons une corvée de 9 hommes. Le temps empirant, l'équipe fut abandonnée à terre tandis que le navire était poussé jusquà l'île de l'Est où il se brisa (voir le récit de Guillaume Lesquin dans Trois naufrages pour trois îles, 1998 ). Les naufragés des Cochons ne furent récupérés qu'en janvier 1827 par le Cape Packet qui venait, quelques jours plus tôt, de sauver le reste l'équipage naufragé à l'île de l'Est. En 1880 le navire britannique Comus vint y établir un dépôt de vivres qui sera renouvelé en 1887 par l'aviso français la Meurthe.
Dans la nuit du 8 au 9 mars 1887, le voilier de 450 tonneaux Tamaris (capitaine Majou) en provenance de Nantes touchait un récif de l'île des Pingouins et coulait à 3 milles dans le SW de cette île. Les 13 naufragés, montés dans un canot, atterrissent le 11 mars à l'île aux Cochons où ils utilisent le dépôt de vivres du Comus. Le 4 août un matelot décide de graver un message sur une plaque de tôle et de le confier à un albatros. L'oiseau est repéré le 22 septembre à Freemantle en Australie, soit à 5.700 kilomètres de là.
Le ministère français des Colonies alerté, ordonne à l'aviso la Meurthe (Lt de vaisseau Richard Foy) stationné à Madagascar, de se porter au secours des naufragés du Tamaris. La Meurthe atteignit les Cochons le 2 décembre pour constater que l'équipage du Tamaris avait quitté l'île à court de vivres le 30 septembre à bord de leur canot pour la Possession. Ils n'arrivèrent jamais. La Meurthe les rechercha à la Possession jusqu'au 9 septembre et découvrit le 11, sur la plage de l'Abondance (côte Sud de l'île de l'Est) des phoquiers américains débarqués là quelques semaines plus tôt.
Depuis 1887, exception faite de quelques brefs séjours non identifiés de phoquiers et de rapides missions d'exploration commanditées par les TAAF, l'île n'a jamais été habitée de façon permanente.
La Carte IGN 1:25000 de l'Île aux Cochons comprend des zones non cartographiées avec pour seule légende la mention "nuages". En effet, en raison de la fréquence importante de nuages orographiques sur les hauteurs, la mission chargée de cartographier l'île en une dizaine de jours n'a pu réaliser de photographies aériennes de l'ensemble de l'île. L'intérêt de ces zones n'étant pas primordial, aucune autre mission n'a été envoyée pour combler ces lacunes cartographiques, faisant de cette carte l'une des seules au monde indiquant des nuages.