Les apports de biocides, pesticides et engrais peuvent dégrader ou tuer les humus.
Le labour tue l'humus en l'enfouissant, causant une minéralisation trop rapide de la matière organique et des pertes de sol qui atteignent couramment 10 tonnes/an/hectare en zone tempérée et jusqu'à plusieurs centaines de tonnes en zone tropicale.
La disparition de l'humus se traduit aussi par un phénomène de glacis des sols labourés qui diminue fortement leur capacité à absorber l'eau. Celle-ci, polluée par les pesticides et des excès de nitrates (responsables du pullulement d'algues vertes et de cyanobactéries visibles sur le sol) ruisselle en emportant les particules fines qui augmentent la turbidité des fleuves et rivières.
De nos jours, il existe de nombreuses méthodes permettant de produire des cultures sans détruire l'humus : Agriculture biologique, Technique culturale simplifiée, utilisation du Bois raméal fragmenté, Agriculture naturelle, etc.
Les complexes argilo-humiques (ou CAH) sont constitués par l'association d'argiles et d'humus, tous deux à l'état floculé suite au travail des micro-organismes du sol, et en particulier des vers de terre, qui grâce à la mise en présence en milieu liquide (comme dans un tube à essais) peuvent lier ces molécules (négativement polarisées) par un cation bivalent: le calcium (Ca++). Il semble que les mucus de certains organismes puissent aussi jouer un rôle dans la constitution de ces complexes qui deviennent stables et insolubles une fois desséchés (comme le ciment lorsqu'il "prend"), ce qui explique la résistance de l'humus à l'eau et à l'érosion et le maintien de sa structure et de son exceptionnelle capillarité.
Ces complexes peuvent de plus fixer des métaux lourds, éventuellement radioactifs, en limitant leur transfert aux plantes et à l'eau, ainsi qu'à la chaîne alimentaire.