Les médicaments homéopathiques sont généralement considérés comme dépourvus d'effets secondaires. Cependant, certaines formes, en particulier les granules, contiennent des excipients à effet notoire (lactose, saccharose) ; les personnes ayant une intolérance à ceux-ci doivent donc prendre des précautions.
D'autre part, l'homéopathie peut également être considérée comme dangereuse dans la mesure où les patients qui suivent des traitements homéopathiques seraient de la sorte incités à retarder le recours à d'autres soins médicaux plus efficaces. Le manque de soins appropriés peut alors avoir des conséquences graves pour le malade. En somme, il est surtout dangereux de croire que l'homéopathie peut se substituer à la médecine conventionnelle.
L'homéopathie est couverte par des réglementations assez différentes selon les pays.
L'Espagne et l'Italie considèrent comme la France que l'exercice de l'homéopathie relève de la médecine (bien que son objet soit considéré comme non-scientifique) et exigent donc que les homéopathes possèdent une formation de médecin classique.
Au Brésil, l'homéopathie est une spécialité médicale reconnue au même titre que les autres depuis 1992. Tout médecin peut donc se spécialiser en homéopathie.
En Allemagne (comme en France), certains remèdes homéopathiques peuvent être prescrits, comme d'autres médicaments, par des professionnels de santé non-médecin comme les dentistes, les sages-femmes ou les kinésithérapeutes.
Dans certains pays, les remèdes homéopathiques sont remboursés par les mécanismes d'assurance maladie, au même titre que les autres médicaments (c'est le cas en France, par exemple). Dans d'autres pays, comme l'Allemagne (depuis 2003), l'Espagne, la Finlande, l'Irlande, l'Italie, la Norvège et la Suède, l'homéopathie n'est pas prise en charge par les systèmes de santé.
Les préparations homéopathiques sont en général en vente libre sans ordonnance (automédication). Dans certains pays, leur vente est réservée aux pharmacies, comme pour les médicaments.
En Europe, l'homéopathie est un produit devant obtenir une autorisation de mise sur le marché, bien qu'il puisse être dispensé d'étude clinique préalable. L'homéopathie est décrite à la pharmacopée européenne.
L'exercice de l'homéopathie en tant qu'homéopathe est considéré comme relevant de la médecine. Un homéopathe est donc nécessairement un médecin. Il peut avoir un diplôme universitaire d'homéopathie délivré par les facultés de pharmacie, mais ce n'est pas une obligation légale. L'exercice médical de l'homéopathie, auparavant toléré, est reconnu depuis 1997 par le conseil de l'ordre des médecins.
Comme certains médicaments, les remèdes homéopathiques peuvent être prescrits par des professionnels de santé non-médecin comme les dentistes, les sages-femmes ou les kinésithérapeutes.
Les remèdes homéopathiques sont vendus en pharmacie. Ils sont néanmoins en vente libre sans ordonnance. Suite à la transposition de la directive européenne en droit français, les préparations homéopathiques sont soumises à une autorisation de mise sur le marché (AMM), mais contrairement aux médicaments allopathiques, la demande peut ne pas comporter d'étude clinique. En effet, le décret 98-52 du 28 janvier 1998 dispense les produits homéopathiques de « tout ou partie des résultats des essais pharmacologiques, toxicologiques et cliniques ».
Les médicaments homéopathiques, bien que bon marché, ont subi les restrictions sur les dépenses de santé et leur taux de remboursement a été baissé à 35 %.
En 2003, le contexte réglementaire fédéral a changé : l'homéopathie entre dans la catégorie des produits de santé naturels tout en gardant un numéro d’enregistrement (DIN).