On a estimé que la population des hippopotames de l'ensemble de l'Afrique est entre 125 000 et 150 000, de laquelle la Zambie (40 000) et la Tanzanie (20 000-30 000) ont les plus grandes populations[1].
On a décrit cinq sous-espèces d'hippopotames en se fondant sur des différences morphologiques (H. a amphibius, H.a. kiboko, H.a. capensis, H.a. tschadensis, H.a. constrictus; Lydekker 1915). Pourtant, l'existence de ces sous-espèces présumées n'avait pas été confirmée par des analyses génétiques, c'est ce qu'a fait une étude récente d'Okello et al. (2005).
En utilisant l'ADN mitochondrial des biopsies de peau prélevées dans 13 lieux d'échantillonnage, les auteurs ont examiné la diversité et la structure génétiques parmi les populations d'hippopotames à travers le continent. Ils trouvent que la différentiation génétique est basse mais significative parmi 3 des 5 groupes présumés - H.a. amphibius, H.a. capensis, H.a. kiboko. Si ces conclusions sont exactes, cela voudrait dire que les hippopotames communs au Kenya et en Somalie (kiboko), en Afrique du Sud (capensis de la Zambie à l'Afrique du Sud) et dans le reste des pays africains sub-sahariens (amphibius) représentent trois sous-espèces distinctes, avec H.a. amphibius comme groupe ancestral. Okello et al. ont établi également que les hippopotames communs ont connu en Afrique une expansion démographique importante au cours du Pléistocène et ultérieurement, expansion qu'ils attribuent à une augmentation des étendues d'eau à la fin de cette époque.