Avoir un hikikomori à la maison est souvent considéré comme un problème qui doit rester interne à la famille et beaucoup de parents attendent longtemps avant de rechercher l'aide de psychologues. Les thérapeutes sont pourtant très actifs, le Japon étant un des rares pays qui possède une structure de soins à domicile et d'enseignants volontaires. Avoir un fils ou une fille hikikomori à la maison est encore un sujet de honte, un des derniers bastions du haji (恥, « la honte, le déshonneur »?). Aussi, au Japon, l'éducation des enfants est traditionnellement assurée par la mère. Le problème du hikikomori est ainsi souvent laissé à la seule charge de la mère. Au début, les parents espèrent que le problème se réglera de lui-même. Ils voient cette situation comme un passage à vide temporaire de leur enfant. Les parents ne savent donc pas quelle attitude adopter. Il est rare qu'ils forcent leur enfant à réintégrer la société.
Dans la société actuelle, il semble que de plus en plus de personnes acceptent mal la pression du monde extérieur, et peuvent ressentir une angoisse incoercible face à la contrainte relationnelle. À ne pas confondre avec une phobie — pas même une agoraphobie, dont le seul point commun est le mécanisme de défense « par évitement ».
Ainsi, ce n'est pas tant l'espace extérieur qui est anxiogène que l'implication relationnelle et non virtuelle qu'elle exige. Alors que l'agoraphobe sera souvent soulagé de parler à quelqu'un en particulier car cela va rompre son isolement dans l'espace ou dans la foule et lui permettre de prendre enfin le (huitième) métro, le hikikomori, lui, va au contraire préférer une rue déserte en pleine nuit pour aller au distributeur de boissons, car la machine sera apathique par excellence et anonyme (parfois parlante, mais sans attendre d'autre réponse que la pression d'un bouton), par exemple. L'essor inégalé des distributeurs automatiques de toutes sortes au Japon est peut-être en rapport avec la recrudescence des comportements d'évitement des contacts humains.
Le hikikomori réagit donc en se retirant complètement de la société, évitant tout contact avec le monde extérieur, surtout s'il nécessite une communication, même non-verbale, comme passer à la caisse d'un supermarché ou au konbini. Il s'enferme dans sa chambre pendant des durées prolongées, souvent mesurées en années. Il n'a souvent aucun ami et passe la plupart de son temps à dormir, à regarder la télévision, à jouer à l'ordinateur et à surfer sur Internet, moyen privilégié de communication (théoriquement anonyme et libre).
Ayant pris la place des pū-tarō (プー太郎? « fils aîné péteur ») puis, au sens large et relativement sympathique, tout enfant majeur et chômeur vivant aux crochets des parents) des années 1970, les hikikomori dans leur phase de début, incarnent un cas extrême de célibataire-chômeur endurci, mais qui annonce déjà une pathologie (une souffrance psychique).
Mais la volonté de se retirer de la société se renforce généralement progressivement. Les hikikomori ont l'air malheureux, sans amis, timides et peu loquaces. Souvent également, ils sont rejetés à l'école, ce qui constitue l'élément déclencheur du phénomène d'isolement.
Les avis des thérapeutes sur la conduite à tenir divergent, notamment entre les Japonais, qui préfèrent attendre que l'adolescent récalcitrant réémerge dans la société par la force des choses et le soutien à domicile et les Occidentaux, plus enclins à la consultation externe et à la psychiatrisation. Dans la plupart des cas, un soutien psychologique est nécessaire pour les parents, qui sont désorientés et impuissants face au problème. Bien qu'il existe des cellules d'aide spécialisée, beaucoup de hikikomori et de parents ressentent encore le manque de soutien, en grande partie dû à leur ambivalence et parce que la famille hésite à le solliciter.
Lorsque la demande et le diagnostic ont été posés, souvent suite à la consultation des parents, l'intervention est une approche à la fois sociale et clinique. Il s'agit le plus souvent d'une thérapie familiale à domicile, de longue haleine et qui n'est pas sans rappeler l'antipsychiatrie avec de petites équipes de helpers, qui sont à la fois peu médicalisées et très actives. Elle se compose d'un ou deux éducateurs spécialisés effectuant des visites quotidiennes, épaulés par un assistant social et un médecin une fois par semaine. Une réunion de restitution et de contrôle, généralement hebdomadaire, complétée par la réunion de secteur mensuelle, permettent d'apprécier l'évolution et de décider des mutations d'équipes éventuelles. La chimiothérapie associée est fréquente, sans être systématique.