De nombreuses espèces de plantes présentent des organes de reproduction femelles et mâles sur un même organisme. Mais le terme hermaphrodisme ne s'applique qu'aux cas des plantes à fleurs (le pommier par exemple) qui portent, dans la même fleur, les organes sexuels mâles et femelles (étamine et pistil). Il n'y a donc qu'un seul type de fleur. Dans ce cas, plusieurs systèmes peuvent empêcher l'autofécondation :
Des plantes portant des fleurs de types mâles ou femelles séparées ne sont pas dites hermaphrodites mais dites « monoïque » ; c'est le cas par exemple du maïs, qui porte les épis mâles en hauteur et les épis femelles plus bas.
L'androdioécie est la coexistence dans une même population de mâles et d'hermaphrodites, ce qui est bien plus rare que l'inverse (gynodioécie ou coexistence de femelles et d'hermaphrodites). De rares angiospermes sont androdioïques, dont l'arbuste Phillyrea angustifolia (anémophile), qui a fait l'objet d'une thèse pour tenter d'expliquer le taux élevé de mâles présents en zone méditerranéenne, alors qu'on pourrait penser qu'un tel taux n'a pas d'intérêt sélectif. L'hypothèse posée par la thèse était qu'une sélection « fréquence - dépendante » induite par une liaison génétique entre locus de stérilité femelle et locus d'incompatibilité pourrait favoriser les mâles. S'il y a stérilité femelle dominante « avec peu d'allèles d'incompatibilité, les fréquences de mâles à l'équilibre peuvent atteindre des valeurs élevées sans nécessiter de forts avantages mâles en fertilité ».
Dans l'espèce humaine le terme hermaphrodisme (vrai ou pseudo) est parfois employé pour désigner l'intersexuation ou intersexualité. Selon l'Organisation Internationale des Intersexué-e-s le terme hermaphrodisme pour des humains est d'un usage ancien. Le corps médical continue d'utiliser ce terme. Il considère que c'est une maladie congénitale malgré l'absence de problèmes de santé associés et malgré un potentiel érotique comparable à celui d'un mâle ou d'une femelle.
Une personne atteinte de cette condition est le plus souvent infertile, même si on rapporte des cas d'ovulations ou de spermatogénèse. Les taux de testostérone et d'œstrogènes ont souvent tendance à s'inhiber l'un et l'autre (de sorte que ni les seins ni le système pileux ne se développent normalement, et parfois les organes externes restent trop peu développés pour permettre un coït aisé).
À la naissance, on pratique en général l'ablation de l'attribut le moins développé, opération doublée d'une hormonothérapie. On peut aussi se déterminer en étudiant l'histologie des gonades.
On distingue différents types d'hermaphrodisme, l'hermaphrodisme vrai, le pseudo-hermaphrodite féminin et le pseudo-hermaphrodite masculin
Il ne faut pas confondre l'hermaphrodite vrai (terme que la plupart des personnes concernées rejettent), qui a du tissu testiculaire et ovarien, avec l'androgyne, dont l'apparence seulement prête à confusion mais dont les caractères sexuels sont exprimés normalement, ni avec le (ou la) transsexuel(le) qui demande une orthosexuation.
Dans les sociétés océaniennes, Rae raes, Mahus, Fa'fafines et autres transgenres avaient le rôle d'enseignantes et de gardiennes des connaissances et des traditions. Avant l'arrivée des colons occidentaux, il était de coutume que chaque famille élève au moins un de ses enfants mâles comme une fille pour perpétuer la communauté en cas de disparition des hommes lors de conflits entre familles ou de caprices de l'océan.
Certaines cultures leur ont attribué au cours de l'histoire, et parfois même bien après l'évangélisation, un statut particulier, comme à Naples par exemple, matrie des femminielli ou « petites femmes », terme employé pour qualifier les travestis. (voir aussi shemales, transgenres et transsexuelles MTF)
Quand elles se font militantes, les personnes hermaphrodites s'opposent souvent à ne pas être confondus avec les transsexuelles, les travestis et les transformistes, au milieu dit transgenre ou troisième sexe. Transgenre est par ailleurs une appellation qui reprend l'idée que les sexes n'existent pas mais qu'il existent des genres : homme, femme, homosexuel masculin, homosexuel féminin, transsexuel, etc. Cette vision se base sur l'orientation sexuelle et l'identité de genre et non sur la physiologie (physiologie d'origine en ce qui concerne le transsexualisme) ce qui peut l'amener à être considérée partiellement comme subjective.
On parle de shemale chez les anglophones, new half au Japon, muxe ou muché chez les Zapotèques du Tehuantepec (ville de Juchitán de Zaragoza), rae rae en Polynésie, fa'fafine aux Samoa, woubi en Côte d'Ivoire, femminielli en Italie, ladyboys ou katoeys (pouvant aussi s'écrire kathoeys) en Thaïlande, natkadaw en Birmanie, hijra en Inde et au Pakistan. Dans la culture arabo-musulmane on parle de khounta — le kh se prononce comme la jota espagnole. Par ailleurs dans les sociétés musulmanes la part de la fille dans l'héritage représente la moitié de celle du garçon, les hermaphrodites vrais ou pseudo, ont très tôt posé problème. En l'absence des données scientifiques dont nous disposons aujourd'hui, les juristes du 9ème siècle décidaient du sexe de l'hermaphrodite en examinant l'emplacement de son orifice urinaire !
Le combat de ces personnes se fait surtout au niveau de l'intégration à la société : elles sont souvent reléguées à des emplois au rabais, illégaux, dans l'industrie du sexe, ou encore victime d'ostracisme et de violence comme pour le transsexualisme .
On note quelques cas dans l'histoire de personnes hermaphrodites ayant vécu leur différence dans la tolérance et l'acceptation.
Mais en général ces personnes sont malheureusement trop souvent déconsidérées ou vivent le rejet du fait de leurs différences et ont peu ou pas de réseau de soutien efficace du fait de la rareté de leur situation. Aussi la plupart tentent de dissimuler leur état en se privant volontairement de sexualité, suite à des expériences parfois traumatisantes, ou bien empruntent la voie d'une sexualité censée être plus ouverte et plus tolérante. Il arrive encore dans certains pays que la personne hermaphrodite soit exposée et traquée comme une bête curieuse. Les enquêtes sur cette anomalie physique et physiologique démontrent qu'aujourd'hui encore, même dans des pays au niveau de vie élevé, les adultes hermaphrodites ont vécu des parcours de vie fait d'humiliations successives. Les nombreux examens de la région uro-génitale pratiqués au cours de la vie par des professionnels de la santé - par exemple les visites médicales scolaires, la visite médicale du recrutement par exemple - finissent souvent par avoir pour la personne hermaphrodite une dimension trop intrusive, voire perverse qui est liée à la durée des examens et aux commentaires portés par la sphère autorisée sur cette particularité.
Certaines associations reprochent à notre société de vouloir séparer la population en deux groupes étanches : les mâles et les femelles. Ils reprochent alors au corps médical de prendre une décision, à la naissance, au lieu de laisser l'individu se déterminer plus tard. En particulier, ils reprochent à la société de classer systématiquement les cas d'intersexualité dans la catégorie des femmes.