La désignation du type et l'indication de l'endroit où l'herbier est conservé sont aujourd'hui obligatoires lors de la publication d'un nouveau taxon botanique ou mycologique (voir holotype).
Les herbiers sont donc essentiels à l'étude taxinomique des plantes (de leurs caractères botaniques), de leur répartition géographique, permettant la détermination et la comparaison de spécimens conduisant à la publication d'un nouveau taxon ou, au contraire, de détecter un synonyme superflu, contribuant ainsi à la stabilisation de la nomenclature.
Les herbiers (lorsqu'ils ont été convenablement séchés) se révèlent également une source utile d'ADN pour des études phylogénétiques (cladistique). Des herbiers anciens peuvent permettre une extraction, mais généralement, il s'avère qu'on ne peut pas raisonnablement dépasser quelques années. Par ailleurs, tout matériel végétal conservé dans de l'alcool est inutilisable. Aussi a-t-on pris l'habitude de prélever en même temps que le spécimen, un morceau de feuille qui sera spécialement traité et déshydraté dans du gel de silice (silicagel).
On trouve sur Internet un certain nombre d’herbiers publiés par des institutions. À titre d’exemple, l’herbier de Lamarck, qui se trouve à l'Herbier National de Paris au Muséum national, publié sous l’égide du CNRS, est disponible à l’adresse suivante :
La base de données Sonnerat/Bryomyco initialement destinée à informatiser l'Herbier national est utilisée en ligne par plusieurs institutions : les herbiers de Montpellier (MPU), de Nancy (NCY), de Limoges (LIMO), de Dijon (MJSD) et de Cherbourg (CHE), sans oublier celui de l'Harmas de Jean-Henri Fabre (FABR). Elle constitue le "Réseau de Herbiers de France". Elle contient en 2007 plus de 700 000 enregistrements et plus de 40 000 photos de spécimens en ligne. Elle est consultable aux adresses suivantes :
Pour tout renseignement :
Il existe également des herbiers virtuels, constitués de fiches illustrées de photos numériques d’échantillons de plantes présentés comme dans un herbier réel. À titre d’exemple, pour la région parisienne, la flore virtuelle d’Orsay, à l’adresse suivante :
Dans les grandes collections regroupant des espèces du monde entier, plusieurs dizaines d'échantillons de chaque plante peuvent être rassemblés. Au cours du temps, chaque herbier institutionnel a ainsi rassemblé les échantillons récoltés par plusieurs botanistes-collecteurs, dans les régions du monde les plus diverses. Chaque échantillon porte une étiquette mentionnant précisément le nom du collecteur, la date et le lieu de collecte, le nom latin que l'échantillon a reçu initialement (ainsi que les éventuelles corrections effectuées par les chercheurs successifs), et des indications de couleur, de taille, de port, et de volume de la plante en milieu naturel.
Les planches sont classées selon le nom binominal de l'espèce et groupées par rangs taxinomiques croissant, selon la systématique traditionnelle :
Les collections conservées dans ces grands herbiers sont tenues à la disposition des botanistes du monde entier. Une sélection d'échantillons peut être envoyée en prêt d'un établissement à un autre pour plus de commodité, mais les collections les plus précieuses ne voyagent pas : ce sont les chercheurs qui viennent les consulter, parfois depuis l'autre bout du monde.
Une liste des grands herbiers au niveau mondial est tenue à jour et publiée sous le nom d’Index herbariorum. Chaque grande collection est identifiée par un acronyme d'un à huit caractères, et certains grands herbiers comprennent plusieurs de ces collections, ayant chacune leur acronyme. Par exemple le British Museum, section Histoire naturelle, est codé BM.
L’herbier du Muséum national d'histoire naturelle de Paris qui compte environ dix millions d’échantillons est, numériquement, le plus important du monde. Il comprend l'herbier général de phanérogamie codé P, l'herbier général de crypogamie codé PC, et plusieurs collections historiques dont les plus importantes ont aussi leur acronyme.
Le Harvard University Herbaria est le huitième herbier du monde avec plus de cinq millions de spécimens.