Plusieurs thèmes classiques de la science-fiction sont abordés, tel que les rapports entre les hommes dans une société robotisée, mais le thème principal, abordé tout au long des œuvres de Masamune Shirow, est le suivant : qu'est-ce qu'être humain ?
Une liste non exhaustive des questions à portée philosophique que pose l'auteur peut être :
Ces questions sont abordées, entre autres, avec le personnage de Kusanagi qui a tous les attributs d'un être humain, si l'on met de côté son corps artificiel plus lourd et costaud, seul son cerveau (cyber-amélioré par des implants permettant d'accéder au réseau internet) étant d'origine. Ce personnage doute parfois de son humanité.
L'œuvre de Masamune Shirow aborde également la question de l'évolution (de l'homme, de la vie, ...) et met en relief certaines idées puisées dans l'essai d'Arthur Koestler "Le cheval dans la locomotive" ("The ghost in the machine" en anglais). Ces idées sont notamment introduites par l'agent Kusanagi dans le film.
L'édition anglaise de Dark Horse Comics tout comme l'édition de Glénat a fait l'objet de censure : certaines pages à caractère érotique présentes dans l'édition originale du chapitre 2 "junk jungle" ont été enlevés.
Le premier tome de Ghost in the Shell 2, publié en France en tant que 3e tome de Ghost in the Shell, appelé Man Machine Interface a été publié également au Japon dans une version intégrale où certaines scènes sont à caractère érotique.
Note : Une première édition du tome 1 est sortie sous le titre Ghost in the shell - Tome 3, ce qui peut poser quelques problèmes de cohérences. Cette erreur a été corrigée sur les volumes imprimés au cours de l'année 2004.
L'édition Glénat est accompagnée du même CD-ROM que l'édition japonaise (donc non traduit).
Il s'agit de quatre histoires courtes relatant des enquêtes de la section 9:
Ces films de Mamoru Oshii sont la première adaptation des mangas de Masamune Shirow. Il a également supervisé les séries du même nom dont la direction a été confiée à Kenji Kamiyama, également à l'origine des films d'animation adaptés par la suite. La création d'un troisième opus n'est pas à l'ordre du jour selon une interview de Mamoru Oshii.
Le premier film d'animation est un montage sur la première saison de la série télévisée du même nom (26 épisodes) en un film avec quelques scènes inédites. Le deuxième film d'animation est un montage sur la deuxième saison (26 épisodes). Le troisième est une suite inédite à la série sous forme de long métrage dans l'attente d'une possible suite à la série.