Détachée très tôt du supercontinent Gondwana (au Crétacé, il y a 75 millions d'années), son insularité, son climat particulier et la diversité de ses sols a donné à la Nouvelle-Calédonie l'aspect d'une véritable arche de Noé d'espèces variées. Le taux d'endemisme est l'un des plus élevés au monde, notamment dans le cadre de sa diversité de paysage :
![]() Forêt dense sempervirente humide avec fougères arborescentes sur l'île des Pins | Paysage de maquis minier dans le Grand Sud de la Grande Terre | Cœur de Voh, tanne au milieu de la mangrove littorale au nord-ouest de la Grande Terre |
S'il est moins fort que celui de sa flore, l'endémisme de la faune néo-calédonienne est également important. Il est particulièrement développé chez les reptiles (63 espèces dont 40 de lézards et 20 geckos, soit environ 90 % du total, tous inoffensifs, dont le Rhacodactylus leachianus qui dépasse les 30 cm et est ainsi le plus grand de son genre et l'un des plus grands geckos au monde, ainsi qu'une dizaine d'espèces de serpents amphibiens dont le plus emblématique reste le tricot rayé, mortellement vénéneux puisque leur morsure équivaut à dix fois celle du cobra royal mais particulièrement dociles et craintifs tandis que la petite taille de leur bouche limite le nombre de cibles potentielles, si bien que, si les enfants ont l'habitude de jouer avec lui, le nombre de morsures recensées est quasi nul, l'essentiel des accidents sont en fait imputables à un autre serpent marin, de couleur marron et beaucoup plus agressif : l'Hydrophis coggeri), les invertébrés (4 500 espèces indigènes inventoriées, et un montant réel estimé à 15 000 pour un taux d'endémisme entre 90 et 100 %, en particulier les 2/3 des 160 espèces de fourmis ou la totalité des 153 types d'escargots de terre répertoriés) et les chiroptères (seuls mammifères non introduits et présents avant l'arrivée des européens à travers 9 espèces dont 5 chauves-souris insectivores et 4 roussettes, très appréciées pour leurs chaires et donc particulièrement chassées ce qui leur a valu d'être classées « espèces menacées » par l'UICN ; 6 d'entre elles sont endémiques à savoir 3 chauves-souris et 3 roussettes).
Les oiseaux représentent une grande partie de la faune terrestre vertébrée (entre 142 et 148 espèces inventoriées) mais à un taux d'endémisme relativement fort (22, soit 14 % du total, même si la Province Nord fait état d'un taux de 33 %). Le cagou, dernier représentant de la famille des Rhynochetidae, est devenu le principal symbole local, présent sur les revers des pièces de 1, 2 et 5 F CFP émis pour la Nouvelle-Calédonie, sur de nombreux blasons de communes ou logos d'établissements officiels (notamment celui de l'OPT, l'office des postes territoriales). On peut également citer comme autre oiseau endémique emblématique le notou, plus gros pigeon arboricole au monde dont le roucoulement grave domine généralement le fond sonore de la forêt humide et un des principaux gibiers des chasseurs néo-calédoniens, avec le cerf et la roussette. La perruche d'Ouvéa, le lori à diadème ou encore le pape de Nouméa (ou Cardinal) sont quant-à-eux particulièrement recherchés par les ornithologues et comme oiseaux domestiques. La plupart de ces espèces sont reconnues comme menacées.
Les espèces introduites principales sont des mammifères, le cerf (un des mets principaux de la cuisine néo-calédonienne désormais, décliné en saucisson, salade, filet, brochettes) ou le cochon sauvage (ancien porcins d'élevages retournés dans la nature), deux animaux qui se retrouvent ainsi aussi bien domestiqués que sauvages, le bétail (essentiellement bovin dont le nombre dépasse les 100 000 tête, plus faiblement des ovins et caprins, tous élevés avant tout pour la viande, très peu pour les produits laitiers, la laine ou le cuir, dans les propriétés extensives de la côte ouest), les chevaux (particulièrement utilisé notamment par les propriétaires et ouvriers agricoles pour encadrer le bétail, mais aussi dans les sports hippiques qui sont assez développés, le cheval étant devenu un élément culturel fort de la population Caldoche), les animaux domestiques (chiens et chats) ainsi que des nuisibles tels que rats ou souris apportés dans les cales des premiers navires européens à avoir accoster dans les îles. Parmi les oiseaux importés, le plus répandu reste le Merle des Moluques dit « pattes jaunes », initialement importés pour combattre les sauterelles et aujourd'hui essentiellement présents dans un environnement urbain.
Parmi les animaux peuplant les rivières et les lacs, on peut citer environ 80 espèces de poissons d'eau douce, la plupart indigènes mais avec un endémisme très faible (autour de 17 %), ceux observés se limitant à un faible nombre d'espèces répandus dans des zones géographiques très restreintes, dont le Rhyacichthys guilberti ou « Noreil » qui n'est connu qu'à travers 5 individus identifiés dans deux rivières de la Province Nord. Dans les « creeks » (synonymes de gués ou de rus) dominent ce que les néo-calédoniens appellent des « carpes » mais sont en fait des Kuhliidae, et des crevettes de creek du genre Macrobrachium, appréciées pour leur qualité gustative tandis que se développe de plus en plus une industrie aquacole en Nouvelle-Calédonie. Les espèces introduites comprennent le black-bass apporté à l'origine pour peupler le lac artificiel de Yaté et s'est depuis répandu, prédateur menaçant les poissons indigènes et endémiques, ou encore les tilapias et le poisson million qui ont eu quant-à-eux un impact plutôt positif en participant à la démoustification.
Enfin, la foule des insectes ne comportent que quelques espèces dangereuses pour l'homme. Il s'agit avant tout du moustique, et notamment de l’Aedes aegypti, vecteur de la seule épidémie chronique de type tropical présente sur le territoire : la dengue, qui, dans sa forme la plus virulente (la dengue hémorragique dite de type 4), peut être mortelle. Ce problème et la question de la démoustification reste ainsi le principal enjeu de santé publique de la Nouvelle-Calédonie. Les mois de février et de mars 2009, qui ont suivi un mois de janvier aux précipitations particulièrement élevées par rapport aux moyennes saisonnières, ont été l'occasion d'une importante recrudescence de la dengue avec 1 568 cas positifs dont 64 de dengue 4 en février et 3 396 dont 45 de dengue 4 en mars (il n'y avait eu, en comparaison, que 37 cas, et aucun de dengue 4, en 2007). Parmi les autres insectes dangereux, ceux-là pour leur venin, le principal reste la scolopendre ou « mille-pattes » qui se cache dans les coins humides, notamment sous les bois en décomposition, et il arrive souvent qu'ils s'introduissent dans les habitations : si leur venin n'est pas particulièrement dangereux dans la plupart des cas, il est particulièrement douloureux et peut impliquer des complications en cas d'allergies ou de morsures répétées. Viennent ensuite les espèces connues internationalement pour leurs piqures ou morsures désagréables mais non dangereuses telles que l'abeille commune, les guêpes, la fourmi électrique (un des nuisibles importés). Parmi les arachnides, la plupart ne présente aucune menace : les scorpions sont petits et inoffensifs, ainsi que les araignées et cela même si une petite espèce de veuve noire a été identifiée dans les forêts d'altitude, elle ne semple pour l'instant n'avoir piqué personne, ou en tout cas pas de manière dangereuse.
Le cagou, ou rhynochetos jubatus, animal endémique et emblématique de Nouvelle-Calédonie | Perruche cornue ou d'Ouvéa |
La forte superficie du lagon a donné lieu à une importante biodiversité, avec plus de 15 000 espèces recensées à ce jour par l'IRD, dont 5 % d'espèces endémiques. Mais de nombreuses zones restent encore inexplorées, si bien que les experts estiment les chiffres réels largement plus élevés. Le lagon comporte, comme pour les plantes de la forêt humide, de nombreuses espèces panchroniques appelées « Fossiles vivants et formes archaïques » dont le principal exemple est le nautile, lui aussi utilisé comme emblème par des organismes locaux.
La plupart des espèces dangereuses pour l'homme présentes en Nouvelle-Calédonie sont aquatiques : outre les serpents, il s'agit des poissons-pierres (réputé comme le poisson le plus venimeux au monde), la rascasse volante, l'acanthaster (étoile de mer très urticante), plusieurs espèces de cônes mortels (surtout le cône géographe, coquillage le plus venimeux au monde, les raies (notamment pastenague) ou le cône textile). Les eaux néo-calédoniennes abritent de nombreuses espèces de requins, mais les attaques sont assez rares et généralement dues à des imprudences notamment dans le cadre de l'activité développée sur le modèle australien ou américain du Shark-feeding (consistant à jeter des déchets de poisson dans la mer pendant la plongée pour attirer les requins, notamment dans le but de satisfaire les touristes en mal de sensation forte). La plupart des requins du lagon sont de petite taille, dits « pointes blanches » ou « pointes noires », et les espèces les plus grosses et réputées les plus agressives incluent les requins tigres, marteaux et requins bouledogues. Le grand requin blanc, habitué aux eaux froides et restant donc dans les courants profonds au larges, n'est normalement pas présent en Nouvelle-Calédonie. Il arrive parfois que certains s'écartent de leur route, égarés ou attirés par un gibier important (notamment deux grands blancs observés dans la passe de la Sarcelle, dans le lagon sud-ouest, en 1997 en train d'attaquer la carcasse d'un cachalot mort) et entrent dans le lagon : la première capture enregistrée date de 1971 et la première rencontre sous-marine a lieu à la passe de La Foa en 1974. La dernière rencontre attestée a eu lieu avec des chasseurs sous-marins dans la passe de Mato au sud du lagon le 26 août 2008, tandis que la dernière attaque mortelle en date (un jeune surfeur happé à Bourail le 19 mars 2009) est attribuée par certains chercheurs de l'IRD spécialistes de la question à un grand blanc. L'absence d'attaques près des plages fait que la Nouvelle-Calédonie n'a pas eu à développer de système de réglementation ni de surveillance particulière des plages.