Types de gènes et vocabulaire technique
Le terme de gène est tellement large qu'il est parfois difficile d'en donner une définition. De nombreux dérivés, au sens beaucoup plus précis, et parfois technique, sont utilisés couramment dans le milieu scientifique.
- Gène à action zygotique : gène qui ne s’exprime que chez le zygote et qui n’est pas une contribution maternelle à l’ovocyte.
- Gène(s) activant la recombinaison (RAG) : (RAG ; Recombination Activating Genes) : ensemble de gènes codant des protéines qui jouent un rôle fondamental dans le réarrangement d’autres gènes. Par exemple, les gènes RAG-1 et RAG-2 codent des protéines qui activent le réarrangement des gènes de récepteurs antigéniques.
- Gène(s) à effet maternel : (Maternal-Effect Gene) gène à expression maternelle; gène maternel dont les produits d’expression dans le cytoplasme de l’ovule favorisent le développement du futur embryon ; ce gène contribue au phénotype du descendant en fonction de son expression chez la mère.
- Gène architecte : gène qui contrôle le développement embryonnaire.
- Gène antisens : gène qui produit un ARNm complémentaire au transcrit d’un gène normal, généralement construit en intervertissant la région codante par rapport au promoteur.
- Gène candidat : l'approche gène candidat consiste à supposer l'implication d'un gène dans un quelconque effet a priori, et l'étude vise à confirmer cette implication a posteriori.
- Gène candidat positionnel : gène connu pour être localisé à proximité d’un marqueur d’ADN lié à un caractère contrôlé par un seul locus ou à un QTL (locus à effets quantitatifs), et dont la fonction déduite suggère qu’il peut être la source de la variation génétique du caractère en question.
- Gène candidat positionnel par cartographie comparée : se réfère à un moyen indirect d’attribuer une fonction à un QTL. Lorsqu’un QTL est lié à un marqueur pour une espèce, et que ce même marqueur est lié à un gène connu dans une espèce modèle, des prédictions peuvent être faites concernant la nature du QTL.
- Gène chimère ou gène de fusion : gène modifié génétiquement, obtenu lorsqu’une séquence codante est fusionnée avec un promoteur et/ou d’autres séquences dérivées d’un gène différent. La plupart des gènes utilisés dans la transformation sont chimériques.
- Gène chimère marqueur de sélection : gène fabriqué à partir de morceaux de deux ou de plusieurs gènes différents et qui permet à la cellule hôte de survivre dans des conditions qui, autrement, entraîneraient sa mort.
- Gène constitutif : gène qui est toujours exprimé (sans mécanisme de régulation) ; c'est-à-dire un gène d’entretien (gène de ménage; gène domestique ou housekeeping gene); gène s’exprimant de la même manière dans toutes les cellules d’un organisme ; le produit d’expression de ce gène est indispensable à la vie de la cellule (à son métabolisme de base). Très souvent, ces gènes ne possèdent pas de boîte TATA.
- Gène d’ancrage : gène qui a été localisé sur la carte physique et la carte de liaison d’un chromosome, et permettant ainsi leur alignement mutuel.
- Gène d’avirulence ou gène avr : plusieurs plantes contiennent des gènes R qui confèrent une résistance à hérédité simple à une race spécifique de pathogène. Les plantes sont capables de reconnaître la présence du pathogène par une interaction entre leur gène R et le gène d’avirulence correspondant du pathogène. La reconnaissance réussie déclenche l’activation en cascade de nouveaux gènes, menant souvent à une réponse hypersensible.
- Gène délétère : gène dont l’altération (à la suite d’une mutation, par exemple) entraîne un problème au niveau de son expression, ce qui conduit à l’apparition d’un caractère phénotypique anormal.
- Gène d’histocompatibilité : ensemble de gènes qui codent les antigènes du Complexe Majeur d’Histocompatibilité (CMH).
- Gène d’intérêt : (transgène) : gène codant une protéine d’intérêt ; ce gène est introduit expérimentalement dans un organisme (qui devient un organisme génétiquement modifié ou OGM ou organisme transgénique) afin que ce dernier produise la protéine en question.
- Gène de polarité segmentaire : gène qui fonctionne pour définir les composants antérieurs et postérieurs des segments du corps chez la Drosophile.
- Gène des organites : gènes localisés dans les organites en dehors du noyau.
- Gène disrupteur : employé pour renforcer la stérilité des graines obtenues à partir des cultures génétiquement modifiées.
- Gène fragmenté : chez les eucaryotes, l’ADN codant de plusieurs gènes structuraux est composé d’exons et d’introns. Ce modèle d’interruption généralement trouvé dans la séquence codante est désigné sous le nom de « gène fragmenté ».
- Gène gus : gène d'E. coli qui code la bétaglucuronidase (GUS). Puisque cette activité est absente chez les plantes, ce gène est généralement utilisé comme gène rapporteur pour détecter l’occurrence des évènements de transformation.
- Gène hémizygote : gène qui n’est présent qu’en une seule copie dans un organisme diploïde (on peut citer comme exemple les gènes liés au chromosome X chez les mammifères de sexe mâle).
- Gène immédiat précoce : gène viral exprimé immédiatement après l’infection.
- Gène inductible : gène qui s’exprime uniquement en présence d’un métabolite spécifique, l’inducteur.
- Gène létal : forme mutante d’un gène, fatale à l’état homozygote.
- Gène létal récessif : gène codant une protéine qui est nécessaire pour le passage de l’organisme à l’état adulte. Si les deux allèles de ce gène sont présents à l’état récessif, le fœtus a des problèmes pour se développer ; il meurt à la naissance ou peu après.
- Gène lié ou marqueur lié : gène ou marqueur lié à un autre gène ou marqueur.
- Gène marqueur : gène dont la fonction ou la position sont connues, utilisé dans la sélection assistée par marqueurs (SAM) ou dans les études génétiques.
- Gène marqueur de résistance aux antibiotiques (ARMG pour antibiotic resistance marker gene) : gènes généralement d’origine bactérienne utilisés comme marqueurs de sélection en transgénèse, car leur présence permet la survie des cellules en présence d’agents antibiotiques normalement toxiques. Ces gènes étaient utilisés dans le développement et la libération de la première génération d’organismes transgéniques (particulièrement chez les plantes cultivées), mais ils ne sont plus recommandés à cause des risques potentiels associés au transfert non désiré de la résistance aux antibiotiques à d’autres organismes.
- Gène modificateur : gène qui affecte l’expression de certains autres gènes.
- Gène mutable : gène qui a une fréquence de mutation exceptionnellement élevée.
- Gène orphelin : gène ou séquence d’ADN dont la fonction n’est pas connue.
- Gène par : classe de gènes nécessaires à la ségrégation fidèle du plasmide au cours de la division cellulaire. Initialement, les loci par étaient identifiés dans les plasmides, mais plus tard, ils ont été également trouvés dans les chromosomes bactériens.
- Gène(s) paralogue(s) : gènes ayant évolué à partir de la duplication d’un même gène de départ.
- Gène polymorphe (polymorphic gene) : gène existant sous plusieurs formes (différentes formes alléliques).
- Gène rapporteur : gène codant une substance facilement analysable. Utilisé comme marqueur pour confirmer l'incorporation d'un transgène dans une cellule, un organe ou un tissu, et en tant que moyen d'examiner l'efficacité de promoteurs spécifiques.
- Gène régulateur : gène dont la fonction primaire est de contrôler le taux de synthèse des produits d’un ou de plusieurs autres gènes ou voies.
- Gène répressible : gène dont l’expression peut être réduite ou anéantie par la présence d’une molécule régulatrice.
- Gène sauteur ou élément transposable ou transposon : élément d’ADN qui peut se déplacer d’un endroit à un autre dans le génome.
- Gène structural : gène codant un polypeptide qui possède des fonctions enzymatiques ou structurales et qui est nécessaire pour le métabolisme normal et la croissance d’une cellule ou d’un organisme.
- Gène suppresseur de tumeur : gène qui règle la croissance cellulaire. Si un tel gène devient non fonctionnel et la cellule subit une altération, alors une croissance non-contrôlée ou un cancer pourrait en résulter.
- Gènes additifs : gènes dont l’effet net est la somme des effets de leurs allèles individuels, ils ne présentent ni dominance ni épistasie.
- Gènes complémentaires : deux ou plusieurs gènes interdépendants, pour lesquels (dans le cas de complémentarité dominante) l’allèle dominant de l’un d’eux peut produire un effet sur le phénotype d’un organisme seulement si l’allèle dominant du second gène est présent; dans le cas de complémentarité récessive, seuls les individus doubles homozygotes récessifs peuvent exprimer l’effet.
- Gènes cytoplasmiques : gènes localisés sur l’ADN en dehors du noyau, c’est-à-dire dans les plastes et les mitochondries.
- Gènes de parité segmentaire : gène qui influence la formation des segments du corps chez la Drosophile.
- Gènes empilés : se réfère à l'insertion de deux ou de plusieurs gènes dans le génome d'un organisme. Un exemple serait une plante portant un transgène Bt donnant la résistance à un insecte et un transgène bar donnant la résistance à un herbicide spécifique.
- Gènes extranucléaires : gènes qui se trouvent ailleurs que dans le noyau (ex.: dans les mitochondries, plastes).
- Gènes homéotiques : gènes agissant en harmonie pour déterminer les modèles fondamentaux de développement. Les gènes homéotiques contrôlent le développement embryonnaire.
- Gènes R : classe de gènes végétaux qui confèrent la résistance à une souche spécifique (ou à un ensemble de souches) d’un pathogène particulier. Leur fonction primaire est de détecter la présence du pathogène et de déclencher les voies de défense de la plante. Des gènes R ont été clonés à partir d’un certain nombre d’espèces végétales.
- Gènes rol : famille de gènes présents sur le plasmide Ri d’Agrobacterium rhizogenes, qui induisent la formation de racines lorsqu’ils sont transférés à une plante, suite à une infection par la bactérie. Ces gènes sont utilisés comme un moyen d’induction racinaire chez différentes espèces et cultivars d’arbres fruitiers micropropagés.
- Gènes vir : ensemble de gènes sur un plasmide Ti ou Ri qui préparent le segment d'ADN-T pour le transfert dans une cellule végétale.
- Pseudogènes : ensemble de gènes qui par suite de modification de sa séquence, ne peut plus être transcrit en ARN et/ou traduit en protéines. Ce sont des gènes non exprimés.
- Gènes majeurs : Les gènes majeurs sont des gènes dont l'expression à un effet majeur sur le phénotype.