Le logiciel gnuplot n'a rien à voir avec le projet GNU, lui préexistant de plusieurs années.
Pour remercier Richard Stallman, des utilisateurs d'outils libres décidèrent de faire faire le tour à une peluche ayant la forme d'un gnou, de la passer d'une main à une autre jusqu'à ce que ça atterrisse au bureau de Richard Stallman, ce projet est connu sous le nom de projet "Move Your GNU/Tux" (car il existe aussi une peluche de tux qui fait également le tour du monde pour arriver au bureau de Linus Torvalds). GNU fit son voyage de Belgique en 2008 en passant par la France, la Suisse, les États-Unis, le Canada, la Martinique, l'Afrique du Sud, la Tunisie et en Juin 2010 il est arrivé en Algérie avant d'aller rejoindre le Maroc
« Le système GNU comprend des programmes qui ne sont pas des logiciels GNU, ce sont des programmes qui ont été développés par d'autres, dans le cadre d'autres projets, pour leurs buts propres, mais qu'on peut réutiliser, car ce sont des logiciels libres. »
Le projet d'un système d'exploitation GNU, avec le noyau Hurd, reste un projet (bien que la plupart du système soit fonctionnel pour les développeurs et utilisateurs). On peut pourtant le découvrir en symbiose avec des projets connexes (comme Debian), ou concurrents d'une partie (comme Linux).
L'association du projet GNU avec le noyau Linux se produit naturellement lorsque le noyau est disponible et parfaitement fonctionnel dans l'environnement GNU. Le projet GNU avait prévu le développement du noyau Hurd pour compléter le système, mais au début des années 1990, Hurd ne fonctionnait pas encore et son développement rencontrait encore des difficultés.
L'arrivée du noyau Linux rendit donc disponibles les logiciels du projet GNU sur les ordinateurs animés par des microprocesseurs de la famille Intel x86. Cela leur assura une large diffusion car ces projets étaient complémentaires.
L'ensemble des distributions Linux portent l'empreinte plus ou moins présente du projet GNU (ne serait-ce que dans leurs licences), d'où l'appellation distribution GNU/Linux défendue par Richard Stallman.
Le projet GNU lui-même n'inclut par principe aucun logiciel propriétaire. Mais on retrouve de nombreux éléments qui ne correspondent pas toujours aux critères des logiciels libres associés à des distributions utilisant le système GNU. Les plus célèbres sont la bibliothèque Qt du bureau KDE et l'algorithme de compression des images GIF, tous deux devenus libres depuis (plus précisément, Qt a été mis sous double licence sur décision de ses développeurs, tandis que GIF est passé dans le domaine public à l'expiration de ses brevets, ce qui pour un format de données équivaut à une « libération », mais sans que ce soit voulu par ses auteurs).
Les éléments non libres le plus couramment ajoutés sont les logiciels qui permettent de faire fonctionner certaines parties de l'ordinateur (pilotes de certaines cartes graphiques et wifi surtout) ; et des logiciels de lecture de format propriétaire (DVD, Divx, MP3, Flash, etc.).
Ils vont à l'encontre des logiques qui ont abouti à la création de GNU puisqu'ils rendent le système, pris dans sa globalité, non libre (par exemple, il n'est pas légal de copier ou de diffuser un système qui intègre le lecteur Flash puisque ce dernier reste la propriété d'Adobe Systems).
Les distributions complètement compatibles avec les principes de base de GNU sont peu nombreuses. Le fait de n'offrir aucun logiciel propriétaire dans la distribution standard n'est pas suffisant. Il faut aussi ne pas faciliter l'installation de ces logiciels, par exemple en les offrants sur les dépôts liés à la distribution ou en diffusant de la documentation facilitant leur installation.
On peut citer dans les quelques distributions validées par la FSF : (répertoriées par la FSF):
Distribution GNU/Linux conforme aux principes GNU:
Autres distribution compatible au niveau éthique :
Par unité de projets, on peut plus clairement identifier ceux qui sont affiliées à GNU, comme l'environnement graphique GNOME ou le logiciel de retouche d'image The GIMP.
Mais une grande partie des programmes issue du projet GNU sont des éléments de création, de mise en place ou de fonctionnement qui ne sont pas toujours identifiables par l'utilisateur final (?), par exemple :