Les annonces de résultats positifs de fusion froide en dehors des publications scientifiques à évaluation par les pairs sont controversées et sont sujettes à caution. Néanmoins, échaudées par la polémique de 1989, la plupart des revues à comité de lecture refusent simplement et à titre préventif toute publication sur la fusion froide[réf. souhaitée]. Selon Martin Fleischmann, la vraie raison de l'hostilité envers la fusion froide réside dans le fait que l'incorporation d'hydrogène dans des métaux lourds concerne d'importants développements récents en matière d'armements couverts par le secret militaire. Selon un journaliste de Rai News 24, Flaviano Masella, la découverte dans la région de Khiam, au Liban, après la guerre du Liban de 2006, de traces d'uranium enrichi pourrait s'expliquer par ces nouveaux processus militaires signalés par Fleischmann. Selon le journal Horizons et débats, ces faits peuvent être rapprochés d'un cas dénoncé par un biologiste de Falloudja, Mohamad Tareq al Deraji, qui a constaté chez des cadavres, causés par les destructions de l'armée des Etats-Unis au printemps 2004, que les morts comportaient des blessures inconnues et des corps étaient carbonisés alors que leur vêtements étaient intacts.
Depuis 2002, des chercheurs explorent les possibilités de la cavitation pour réaliser la fusion froide et pour mieux comprendre les conditions de production de neutrons et d'énergie par cette voie.