La femelle met bas une fois par an, en mars ou en avril, bien que l'accouplement ait eu lieu durant l'été précédent (juin à août). Cette période de huit mois est due à la dormance, mais le temps effectif où la mère porte ses petits est d'un mois.
La portée de la fouine compte de deux à cinq petits qui naissent aveugles et nus. Ils ouvrent les yeux après un mois, sont sevrés après deux mois et sont indépendants à l'automne. La maturité sexuelle est atteinte entre 15 et 27 mois.
Les fouines sont des animaux solitaires, comme la plupart des autres espèces de martres. Elles évitent leurs congénères en dehors des périodes de reproduction. Il s'agit d'animaux territoriaux qui marquent leur territoire avec des secrétions et le défendent au moins contre d'autres fouines de même sexe. La grandeur du territoire est variable, mais reste inférieure à celui de la martre commune. Leur grandeur va de 12 à 210 hectares et varie en fonction du sexe (les territoires des mâles sont plus grands que ceux des femelles), de la saison (ils sont plus petits en hiver), de l'habitat (ils sont plus grands en campagne qu'en ville) et de la nourriture disponible.
Son activité est surtout nocturne. Elle est opportuniste et se nourrit selon les saisons, de petits mammifères, de fruits, d'oiseaux, de déchets trouvés près des habitations. Il lui arrive de dévaster un poulailler lorsqu'elle est à la recherche d'œufs. Excitée par la panique créée chez les poules, elle tue tout ce qui bouge. Bien qu'essentiellement carnivore, les produits végétaux (baies et fruits) constituent une part importante de son alimentation.
Elle aime aussi s'attaquer aux circuits électriques des voitures et à l'isolation des maisons, et elle aime également ronger le caoutchouc. Elle est pour cela souvent considérée comme “nuisible”, c’est alors un “puant” actuellement régulé par des piégeurs agréés alors qu’à l’époque de la Rome antique, elle était adoptée pour capturer les souris et dératiser les habitations. Elle joue encore aujourd'hui un rôle de police sanitaire.