Un Foramen ovale perméable n'a, sauf exception, aucune traduction fonctionnelle, clinique, électrocardiographique ou sur la radiographie thoracique. Historiquement, le diagnostic en était porté lors d'une exploration hémodynamique, soit en raison d'un trajet inhabituel de la sonde de cathétérisme, soit par le passage anormal de produit de contraste lors d'une angiographie.
Actuellement, le diagnostic repose essentiellement sur l'échocardiographie. La voie trans-thoracique est habituellement suffisante chez le nourrisson et l'enfant. Une exploration par voie trans-œsophagienne est souvent préférable chez l'adulte et est considérée comme la méthode de référence.
Le terme de "vicariant", plus souvent utilisé à propos du canal artériel, désigne une structure dont la présence est indispensable à la survie d'un nouveau-né. Ce terme peut être utilisé pour le Foramen ovale dans le cas particulier d'une malformation cardiaque appelée transposition des gros vaisseaux et nous proposons au lecteur de se reporter à l'article correspondant pour de plus amples détails.
En cas d'accident vasculaire cérébral, un traitement visant à prévenir la formation de caillots sanguins, soit à l'aide de médicaments anti-aggrégants plaquettaires comme l'Aspirine, soit par l'usage de médicaments anti-coagulants actifs par voie orale (Classe des anti-vitamines K) reste de première intention.
Le traitement, c'est-à-dire la fermeture d'un Foramen ovale perméable ne s'envisage que dans les suites d'une complications embolique récidivante malgré un traitement anti-aggrégant ou anti-coagulant bien conduit. Le niveau de preuve de l'intérêt de cette attitude reste cependant faible. Quand elle est indiquée, cette fermeture est habituellement faite non par chirurgie mais au cours d'un cathétérisme interventionnel par mise en place d'un dispositif occlusif sur le FOP, identique aux dispositifs utilisés pour la fermeture d'une communication inter-auriculaire. Ce type d'intervention a été réalisé pour la première fois en 1976.
Depuis peu sont à l'étude des matériels qui permettraient de fermer un foramen ovale par radiofréquence seule, sans dispositif occlusif permanent, l'énergie délivrée dans l'oreillette droite visant à fusionner entre eux le septum primum et le septum secondum sur les berges de la communication. Cette technique n'est pas encore de pratique courante et reste à l'étude dans le cadre de protocoles de recherche.