En 1280, les troupes du roi de France Philippe III le Hardi, en guerre avec le roi de Castille, Alfonse X le Sage, essayent de prendre la ville sans succès.
En 1476, le roi de France Louis XI envahit le Guipuzcoa et assiège Fontarrabie. Cette opération est menée avec l'appui du roi portugais Alfonse V, de sa femme et de sa nièce, Juana la Beltraneja, candidate au trône de Castille.
En 1521, le légitime roi de Navarre, avec l'aide de la France, essaye de récupérer son royaume annexé quelques années plus tôt par Fernand le Catholique. Il attaque Fontarrabie comme une partie des opérations militaires.
En 1638, dans le cadre de la guerre de Trente Ans, Fontarabie subit son siège le plus célèbre. Le prince de Condé, à la tête d’une armée de douze mille hommes, en est chassé par une sortie des 7 000 défenseurs de la ville. La fin de ce siège est fêtée chaque année par ses habitants avec l'Alarde. Malgré cela, la ville est à nouveau assiégée et prise l’année suivante, l’ingénieur Pierre d'Argencourt participant au siège côté français.
En 1719, la ville est prise le 17 juin par le maréchal de Berwick.
En 1794, elle est encerclée pendant la guerre de la Convention.
En 1836, la ville est attaquée pendant les guerres carlistes par un corps expéditionnaire britannique.
Sports
Fontarrabie possède une équipe de trainières (sorte d'aviron de mer très populaire sur toute la côte Cantabrique), le Hondarribia Arraun Elkartea avec sa trainièreAma Guadalupekoa. En 2005, Fontarrabie a gagné la prestigieuse Bandera de la Concha.
Elle possède également une équipe de basket féminine, Irun-Hondarribia dans la Liga Feminina.
Gastronomie
La tradition veut que le 25 avril (jour de San Marcos), les marraines offrent à leurs filleuls une opila de San Marcos (biscuits).
Festivités et traditions
Fête de la Vierge de Guadeloupe : aux environs du 8 septembre
Lors de la semaine Sainte, une procession du Vendredi saint a lieu dans les rues de la vieille ville. Cette procession est appelée procession du Silence, et c'est l'une des dernières processions de semaine Sainte qui ont été conservées dans la province de Guipuzcoa.
Le 25 juillet, lors de la fête Santiago ont lieu les festivités de la Kutxa, qui célèbrent la prise de possession des charges de la Confrérie de Mareantes de San Pedro (confrérie de pêcheurs de Fontarrabie), qui sont annuellement renouvelées le 29 juin. Une procession monte généralement depuis le siège de la confrérie dans le quartier de la Marine jusqu'à l'église paroissiale située dans le vieux centre. Un jeune préside généralement le défilé en portant sur sa tête la poitrine (en basque kutxa), où on gardait les actes de la confrérie.
Le 15 août ont lieu les festivités du quartier de Jaizubia pour la fête de l'Assomption.
Le 4 octobre ont lieu les festivités du quartier d'Amute (Saint François d'Assise).
Monuments
Le Palacio de Zuloaga
Maisons dans le quartier du port
Le centre historique de Fontarrabie a été déclaré Conjunto Monumental (monument historique). Il correspond au périmètre de l'enceinte fortifiée historique de la ville. Aujourd'hui, il subsiste encore une partie importante des murailles et des remparts, comme les deux portes d'accès à la place forte. À l'intérieur de la vieille ville, les rues pavées forment un plan rectangulaire dans lequel se trouvent de beaux édifices avec balcons en fer forgé. Sur les hauteurs de la vieille ville, se trouve le château de Charles Quint, à proximité de la Plaza de Armas et de l'église Santa Maria de la Asunción.