La structure des flagelles des cellules eucaryotes est absolument différente et nécessite l'expression de 250 à 400 gènes pour la seule mise en place l'architecture axonémale dont le battement (<70Hz) est soit plan soit tridimensionnel.
Pour les spermatozoïdes humains, ils se forment à partir d'un des centrioles de la spermatide ronde. Ces deux centrioles migrent à la future partie postérieure de la cellule.
Le centriole le plus proche du noyau est dit proximal ou encore juxtanucléaire et le plus éloigné du noyau est dit distal.